矿业权是获取矿产利益的必要前提。我国探矿权转让市场以限制出让为原则，在矿业权交易中往往因行政审批而耗费大量时间，降低交易效率，资金流转速度减缓，故在实际交易中多存在以“股权转让”的形式进行实际的矿业权转让，导致两者产生的法律后果无法得到清晰的区别，危害了矿产资源市场安全、损害国家利益。
　　本文以某矿业公司与某矿发公司股权转让纠纷入手，结合案情总结出本案的争议焦点：1、案涉合作协议的性质界定；2、案涉合作协议的法律效力界定。结合相关法学理论、案件事实，运用法律方法对该案分析得出：首先，矿股转让协议性质可分为股权转让协议、矿业权转让协议、股权转让与矿业权转让双重性质协议。案涉合作协议以股权转让的形式得以间接控制矿业权，符合变相转让矿业权的情形，应属于矿业权转让合同。其次，案涉合作协议不具有法律效力，矿产资源相关管理法规应属效力性强制规范，本案中变相转让矿业权的情形违反相关管理法规无效。
　　本文在案件评析的基础上，通过研究我国矿股转让合同性质的学术理论和审判现状得知，在司法实践中各级法院对于矿股转让合同性质认定的主观任意性大、裁判依据不一，应当通过对股权转让的比例、转让后公司实际控制人是否发生变更等维度予以认定。另外，矿山企业签订股权转让合同变相转让矿业权会导致矿产资源市场不稳定、税费流失等消极影响，因此我国应当在立法层面明确矿股转让合同性质，在审判层面明确矿股转让合同性质认定的司法裁判标准，在行政层面制定与立法精神、相关法条协调的管理细则。