长三角作为我国制造业发展水平较高的地区,同时又是接轨国际、直接参与国际分工的产业集聚区。在后金融危机时代,其制造业领域正面临着巨大的挑战：长三角制造业作为地区经济结构的主要支撑,在复杂的市场环境下,多数行业已进入低层次锁定、供大于求、产品价格趋于下降的格局,粗放式发展的道路越走越窄。同时原材料、燃料价格上涨带来的高生产成本以及土地资源的约束,也不断迫使长三角地区开始以增加制造业附加值为目标的创新能力提升的探索。因此,积极推进由“制造”向“创造”转型,已成为长三角的基本共识。本文依据对制造业创新活动产生作用的要素为媒介,通过构建制造业创新能力评价指标体系,对江苏、浙江、上海在内的长三角区域制造业历年创新能力进行包括城市层面及整体层面两方面的评价,利用熵值法、层次分析法、灰色关联度法等手段,对自1995-2012间长三角创新能力的变化趋势进行分析,并结合相关历史背景寻找原因,同时利用排序及散点图法对长三角25个地级市的制造业创新能力进行研究,以分析各城市在主要年份的创新能力变化。最后,在此基础之上,寻求合理的提升路径并进行实证分析,进而为长三角制造业结构优化提供咨询参考。研究表明：(1)自我国设立第一个国家级新区——浦东新区以来,长三角制造业创新能力总体上呈上升趋势,并存在2000年及2008年两个时间改变点。在2000年之前,由于区域技术基础落后,创新资源的大量投入使创新能力呈现高速增长；而在进入新世纪以后,随着创新要素投入边际促进效果的减弱以及区域经济与世界经济接轨程度的深化,制造业创新能力增速开始放缓；而在2008年之后,由于从政策层到企业管理层对自主创新能力的重视,本区域制造业创新能力的增速又一次开始加快,但由于本阶段创新多来自于“从零开始”的自主研发,因而创新能力的变化波动幅度较大。(2)在主要年份的比较中,长三角25个城市创新能力总体上呈现上升趋势,但区域内城市间创新能力差距却在加大。同时,各区域内部中心城市制造业创新能力相对稳定,省际间的比较也保持了上海、江苏、浙江的稳定梯形。(3)在对所列举的可能影响制造业创新能力的外部因素进行计量分析后,认为积极推进产业转型升级、建立完善的专利保护制度及营造良好的技术交易环境、积极发挥市场决定作用有利于长三角制造业创新能力的提升。