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本文以普通大豆和转基因大豆为研究对象,利用超声波辅助提取大豆中的异黄酮,建立了高效液相色谱-电喷雾离子源-离子阱多级质谱联用仪(HPLC-ESI-MSn)分离鉴定大豆中大豆异黄酮的方法,为大豆的深层次开发奠定了基础,也为以大豆异黄酮为研究对象评价转基因大豆的安全性提供了理论支持。通过单因素和正交实验,确定了大豆异黄酮的最佳提取工艺条件：料液比1：40、提取时间50.00 min、乙醇浓度70%、提取温度30℃。该条件下的总大豆异黄酮的得率为0.69%。实验优化了液相色谱部分和质谱部分的各项仪器参数,建立了大豆异黄酮的液质联用分离鉴定方法。色谱柱型号为ZORBAXSB-C18(2.1mm×150mm,3.5μm)；柱温35℃；流速0.2mL/min;自动进样10.00 pL；流动相为乙腈(A)和含0.025%甲酸的水(pH2.8)(B)；梯度洗脱条件如下：0～10min10%～20%A； 10～13min20%A； 13～20min20%～45%A；20～25min45%～55%A；25～30min55%～10%A并维持10min,二极管阵列检测器(PDA)全扫描波长为200～500 nm。质谱扫描模式为正离子模式；全扫描质荷比(m/z)范围为200～700；对主要峰进行二级和三级质谱分析时,碰撞归一化能量为45%,最终得到大豆异黄酮标准品的多级裂解规律。根据大豆异黄酮的质谱裂解规律,高效液相色谱保留时间、多级质谱碎片信息等,本实验共鉴定出12种大豆异黄酮,分别为：大豆苷元、大豆黄素、染料木素、大豆苷、大豆黄苷和染料木苷、丙二酰基大豆苷、丙二酰基大豆黄苷、乙酰基大豆苷、乙酰基大豆黄苷、丙二酰基染料木苷、乙酰基染料木苷。实验对比分析了普通大豆与转基因大豆异黄酮的差异,结果表明转基因大豆总异黄酮的含量比其亲本低；经过转基因后,12种大豆异黄酮的相对百分含量与其亲本相比也产生了差异。即转基因大豆和非转基因大豆在大豆异黄酮的含量上有较明显的差异。