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我国西南地区山羊品种资源丰富，其经济价值显著。为解决传统选育方法存在的不足之处，本研究在传统方法的基础上加入分子标记辅助筛选，选用PRND、MAPK3、NPY和NPY-Y1R基因为候选基因，分析其在西南地区10个具有代表性的山羊品种中的多态性及其与繁殖性能之间的关系。为筛选山羊高繁殖力的标记基因提供科学依据。根据绵羊PRND基因的mRNA序列和牛PRND基因的DNA序列设计6对引物，采用单链构象多态性（SSCP）方法检测PRND基因在9个本土山羊品种和波尔山羊中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)。其中3对引物（P1、P2和P4）检测出两组共6种基因型（分别定义为AA、AB和BB，以及CC、CD和DD）。实验表明8个核苷酸位点存在突变。其中，G793A、C806T、G874C、T894C、T940G和G944A位于3’端区域；T28C为沉默突变，而A151G导致一个T51A氨基酸改变。另外，突变T28C和A151G是完全连锁的。在古蔺马羊、川东白山羊和贵州白山羊中，群体产羔数和个体初生重最小二乘值与PRND基因型均没有显著差异（P>0.05）。参考牛的NPY-Y1R基因序列设计4对引物（P1~P4），采用SSCP检测NPY-Y1R基因在9个本土山羊品种和波尔山羊中的SNPs。发现仅引物P4的扩增片段具有多态性。P4在10个山羊品种中共检测出AA、AB、BB和AC四种基因型，但未能发现CC基因型。测序结果显示B等位基因与A等位基因相比在6174碱基处发生了C→T的单碱基突变，C等位基因相对于A等位基因在6189处碱基存在C→T的单碱基突变。AB基因型在贵州白山羊和川东白山羊两个群体中产羔数都显著高于AA基因型（P<0.05），而在古蔺马羊、贵州白山羊和川东白山羊三个群体中AA型和AB型之间的初生重最小二乘均值没有显著差异（P>0.05）。本研究初步表明，NPY-Y1R基因可能是影响山羊产羔数性状的一个主效基因，C6174T单碱基突变也有可能作为筛选山羊产羔数的分子遗传标记。根据牛的MAPK3和NPY基因设计的引物，采用SSCP检测在9个本土山羊品种和波尔山羊中的SNP均未能发现多态性，表明这在本研究中这两个基因的扩增区域对山羊繁殖性状的功能结构域没有造成影响。