创新是一个企业乃至整个国家增强核心竞争力的源动力。企业或国家一般通过开展R&D投资活动来改进、开发新技术和新产品。在引入R&D投资时，不同来源的资金会产生不同的治理效应。那么，面对具体实践，企业应该采取何种融资方式筹集R&D资金呢，这种方式的筹资又会产生何种效果？在回顾国内外相关理论及研究成果的基础上，本文以异质债务理论为出发点，采用假说分析方法，从实证角度研究企业R&D投资资金来源以及R&D投资的债务治理。首先，运用中国制造业2008-2010年平衡面板数据建立个体固定效应模型，并采用广义最小二乘法GLS中的交叉权重系数法对模型进行估计，把关系型债务占总债务的比重作为研究对象，考察企业引入R&D投资后融资工具的选择；其次，研究R&D投资和关系型债务占比对整个公司业绩的影响，以此来说明R&D投资的效率。在实证分析过程中，本文创新之处在于根据中国现实情况，提高了公司规模和企业性质的重要性，重点考察两者在企业R&D资金融资中的贡献。研究结果表明，在中国制造业上市公司中，关系型债务对企业R&D投资而言是一种有效的治理机制，企业R&D投资强度越高，关系型债务占比越高，并且较高的占比能够提高企业R&D投资的效率，增加企业价值；公司规模对R&D投资和关系型债务占比变量之间的正向关系存在反向调节作用，中小企业中这种关系更明显；公司规模对R&D投资效率存在正向匹配作用，大企业开展R&D投资企业价值增幅更大；企业性质对R&D投资和关系型债务占比变量之间的正向关系存在显著的负向调节作用，国有持股比例越低的企业进行R&D投资的动力更强，R&D投资效率更高。最后，本文对如何增强不同企业的创新能力，提高R&D投资效率提出了相应的政策建议。