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本试验以香菇(Lentinula edodes)26个栽培菌株、10个原生质体杂交菌株和4个野生菌株为试验材料进行品比试验。运用灰色关联度分析法对40个供试菌株菌盖直径、菌盖厚度、菌柄长度、菌柄直径、平均单菇鲜重、单袋平均鲜菇产量、单袋平均菇数、出菇期等8个性状进行综合比较。并结合拮抗试验结果从40个供试菌株中筛选出5个优良菌株,形成3对杂交组合。收集孢子后,单孢分离获得单核菌丝,经杂交配对,共获得55个能在PDA培养基上定植,并生长良好的杂交菌株。栽培试验表明,3个杂交菌株不能在木屑培养基中定植生长,9个杂交菌株菌丝在栽培袋中生长较缓慢或较稀疏,4个杂交菌株在菌袋中不转色或者转色后不能出菇,20个杂交菌株仅长出畸形菇或出菇数量少,均不能进入农艺性状考察直接被淘汰,仅19个杂交菌株出菇正常。运用灰色关联度分析法,从19个正常出菇的杂交菌株中,筛选出综合性状较优良的菌株Q6-12、W-2、W-13、QK-8和QK-15。运用ISSR标记对杂交组合秋6×K95-1及其21个杂交菌株进行了遗传分析。从33个引物中筛选出10条重复性好、谱带清晰的引物,共扩增出128个位点,多态性条带总共为120个,占总带数的93.8%。扩增结果采用软件NTSYS2.10e计算菌株间的遗传相似系数,并进行聚类分析。聚类结果显示,供试菌株在0.46相似水平上划分为两大类。第Ⅰ大类菌株,除QK-17外均能出菇,部分菌株聚类分析结果与农艺性状非常吻合。QK-5与QK-20菇形大小适中,但单菇重量较轻,在0.87相似水平上聚为一类。QK-18与QK-19出菇均很少,产量低,在0.88水平上聚为一类。QK-15产量较高,超过亲本秋6和K95-1,菌盖形态和亲本K95-1相似,但其菌柄较长,超过菌柄较长的亲本K95-1,与QK-18和QK-19在0.86相似水平上聚为一类。第Ⅱ大类的4个菌株均没有出菇。QK-4与QK-6的菌丝均能长满菌袋,但栽培袋不起瘤状物不转色:QK-2与QK-11均在栽培袋中被杂菌污染。本试验结果表明,ISSR分析可为优良杂交菌株初筛提供参考,从而减少杂交育种中初筛栽培试验的工作量。