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正确划分杂种优势群、建立相应的杂优模式在玉米育种研究上具有重要的意义。采用SSR分子标记技术对玉米种质材料进行遗传多样性分析进而将其划分为不同的杂种优势群，可以为组配杂交种提供一定的理论依据。本试验选用6份国内标准测验种及11份已知种群的骨干自交系，利用从玉米遗传与基因组数据库中筛选出的均匀分布在10条染色体上多态性高的70对SSR引物，对79份种群不详的玉米自交系进行SSR分析，主要结果如下：1、70对SSR引物在供试的96份系材料中共检测到223个等位基因变异，每对引物检测到的等位基因在2～5个之间，平均为3.61个；多态性信息量范围在0.153～0.787之间，平均为0.60；96份玉米自交系间的遗传相似系数范围在0.497～0.919之间，平均为0.640。2、采用UPGMA聚类方法对96份试验材料进行聚类分析和主坐标成分分析，将供试材料分为SS群和NSS群两大群，包含六个亚群，其中SS群包含Reid、PA、旅大红骨三个亚群共47份材料，NSS群包含PB、四平头、Lancaster三个亚群共49份材料，供试材料中Q895-2及Q895-3两个姊妹自交系遗传距离最近，被划分到同一亚群，11份具有明确杂种优势群归属的骨干自交系也被划分到相应亚群。3、采用Structure2.3.1软件对目标群体进行群体遗传结构分析，结果表明目标群体的最适K值为6，即目标群体中存在6个亚群最为合理，同时生成Q-matrix，进而评估了群体遗传结构，得到有74份自交系材料能明确到SS和NSS杂种优势群（Q值>0.6），有5份材料的杂种优势群归属比较分散（Q值<0.6），存在跨类群现象。