股权激励是经济发达国家在经济高速发展阶段普遍运用的有效激励手段。实践证明,股权激励的实施极大地提高了企业的效率,促进了经济繁荣。为推进企业深化改革,培育具有国际竞争力的大企业集团,我国很多上市公司和国家自主创新示范区也开始实施股权激励。在2010年3月份,由财政部科技部联合出台了《中关村国家自主创新示范区企业股权激励实施办法》,2010年的5月份作为第二个自主创新示范区的东湖首批股权激励试点也准备在6月份启动,对于已经试点的中关村自主创新示范区和即将在2010年6月份试点的东湖自主创新示范区建立并逐步改进和完善股权激励政策将成为一个核心问题。所以对基于自主创新的企业股权激励机制研究也具有强烈的现实意义。本文共分为五章,其中第一章是绪论,本章主要介绍论文的研究背景、选题意义、国内外相关的文献研究综述。在文献综述部分,借鉴了国内外的研究成果和经验并分析了过去研究成果的限制,继而规定了本文研究的内容。第二章是股权激励机制研究的理论基础。本章分为两个部分:第一部分先引出了激励的概念,然后界定了股权激励、股权激励机制和自主创新的概念;第二部分描述了股权激励的委托-代理理论、人力资本理论、激励理论和创新理论。第三章是股权激励方式及考核。本章分为2个部分:第一部分分析了我国目前上市公司和企业所采用的股权激励模式,接着更进一层分析和比较了国家自主创新示范区的股权激励方法;第二部分是分析了目前存在的股权激励的考核指标。第四章是自主创新能力评价研究。本章首先分析了影响自主创新能力的内部和外部因素,然后提出构建自主创新评价指标体系的原则、并构建了自主创新指标体系以及采用创新指数评价自主创新能力,构建的自主创新评价指标体系总共有6个一级指标和19个二级指标。第五章是基于自主创新的企业股权激励机制研究的政策建议。提出应该完善基于自主创新目标的股权激励考核指标体系、创建有利于自主创新的股权激励环境、加强培养企业自主创新人才、培育企业创新文化,强化创新责任意识、完善实施股权激励的企业法人治理结构等建议和政策。本论文的创新点:一是将自主创新能力指标加入到股权激励考核指标中,使股权激励的业绩考核体系更加完善;二是全面地提出了股权激励相关环境建设的建议,有利于今后股权激励机制的进一步推广。