政府与市场在区域经济发展中具有关键性作用，这已经为经济学家们所认同，大量的有关这一命题的文献就是一个证明。但运用新制度经济学这一近十多年来最具影响力的经济流派的基本理论和分析方法，去比较深入和系统的探讨政府、市场在区域经济发展中的作用，至今仍是一个空白。本文是对这一问题进行研究的一个尝试。　　政府在区域经济发展中的作用是多方面的，本文主要讨论政府提供公共物品与区域发展的关系，认为政府的制度供给对区域经济发展具有特别重要的作用。制度通过降低交易费用促进区域经济增长，并且，在对制度的使用过程中能够产生递增的收益，因而，制度可以为区域经济带来持续的增长，形成区域发展中的良性循环。其中产权制度与市场制度的合理配置能够使区域经济中的交易费用更接近理论上的最小点。　　市场制度提供了一套与传统计划体制迥然不同的激励与约束机制。理论分析表明，市场化能够为区域经济带来长期的增长，原因在于在市场制度下，区域经济的每一次增长都伴随着制度和技术的进步，而制度（和技术）都能带来收益递增。不过，市场化不能解决区域经济发展中的所有问题，市场制度的种种缺陷不同程度地影响着区域经济进步。　　中国经济市场化使区域经济得到普遍的快速发展，与此同时，也使业已存在的区域经济差距扩大。由于中国的区域经济是典型的行政区经济，所以政府在其发展中居于主导地位。在经济转轨过程中，中央政府与地方政府之间制度交易的结果不同，导致区域发展水平出现差异，这可以从博弈论中得到解释。文章认为，实现区域经济协调发展的根本出路在于制度创新，并结合中国的实际情况提出了制度创新的思路。　　中国的区域贫困可以归为区域经济差异的一个特例。文章在对其发生机理进行制度剖析的基础上，提出了区域贫困的制度创新治理思路和具体对策。