近年来,淡水真菌的研究主要集中在物种较为丰富的热带地区。澜沧江-湄公河流域被认为是世界上生物多样性最丰富的地区之一,它拥有多种气候类型,整个流域地形复杂、水资源丰富,为各类真菌的生长和繁衍提供了良好的条件。虽然国内外学者对澜沧江-湄公河流域的淡水真菌展开了研究,报道了一些菌种,取得了一系列的成果,加深了人们对该流域淡水真菌资源的了解,但许多菌种的分子数据和形态描述仍不全面。鉴于此,本研究旨在湄公河流域开展真菌多样性研究,并期望发现和报道新种,同时借助现代分子系统学的技术手段建立真菌系统发育树,为淡水真菌分类中地位尚未明确、出错或者分类混乱的菌种确定更趋于自然的分类地位,以达到合理利用淡水真菌资源的目的。后期通过获取菌种的纯培养物,进行分子实验,上传DNA序列到基因库,不断完善基因库分子数据。本研究在泰国的清迈省、清莱省,以及中国云南省的德宏州、红河州等地进行样品采集,共得真菌标本200份,获得DNA分子序列360条,鉴定菌种88个,得到真菌纯培养物80份,真菌干标本88份。纯培养物和干标本保存在泰国皇太后大学真菌标本馆和培养物保藏中心以及中国科学院昆明植物研究所隐花植物标本馆和菌种保藏中心。本论文的第一章和第二章主要是论述研究的背景、意义、材料和方法。第三章主要分析了澜沧江-湄公河流域淡水真菌的多样性,得出菌种主要分布在三个纲,主要为:Sordariomycetes、Dothideomycetes和Eurotiomycetes;15个目,主要为:Annulatascales、Chaetosphaeriales、Pleosporales、Xylariales、Hypocreales和Togniniales;28个科,主要为:Annulatascaceae、Chaetosphaeriaceae、Nectriacea、Distoseptisporaceae、Atractosporaceae和Herpotrichiellaceae;40个属,主要为:Annulatascus、Fluminicola、Thysanore、Diatrypella、Chloridium和Dictyosporella;88个种,其中新种37个,已知种31个,待鉴定种20个。为了便于查看菌种的分布情况,并体现菌种具有丰富的多样性,我们提供了菌种纲、目、科、属、种的分布表。本章着重分析了4个新种,包括来自清莱的新属Proliferophorum（genera incertae sedis）;来自清莱和云南的新种Mariannaea chiangraiensis（Nectriaceae）;来自清迈的新种Minimelanolocus nonramosus（Herpotrichiellaceae）;以及来自清莱的新组合种Thysanorea papuan（Herpotrichiellaceae）。建立了一个新属Proliferophorum,来容纳新种Proliferophorum thailanddium（模式种）,以及容纳Dothideomycetidae中产孢细胞处有一至两次增生现象的菌种。介绍了一个新种Mariannaea chiangraiensis,无分生孢子链,且孢子大小、形状等特征不同于Mariannaea属的其他菌种。介绍了一个新种Minimelanolocus nonramosus,是Minimelanolocus属中无分叉的分生孢子梗的菌种。介绍了一个新组合种Thysanorea papuan,经过我们重新检查和分析Th.papuan,发现它的的分生孢子特征“有时或经常从分生孢子梗上分离并且具有增殖的现象”,该特征是Thysanorea属的重要形态特征,在形态上具有重要意义,可以将该属与其他相似的丝孢菌分类群区分开。第四章基于形态学和分子系统学,构建了Annulatasaceae-like菌种的系统发育树,理清了Annulatasaceae-like真菌的分类现状。描述并鉴定了Annulatasaceae-like菌种21株,其中淡水子囊菌有12株,淡水丝孢菌有9株。新种共有13株,分别为Dictyosporella aquaticum,D.dehongensis（Diaporthomycetidae,genera incertae sedis）;Conlarium chiangraiensis,C.dehongensis,C.aseptata（Conlariaceae）;Fluminicola satunensis,F.chiangraiensis（Papulosaceae）;Atractospora saprotrophica,A.aquatica（Atractosporaceae）;Diluviicola saprotrophica（Pseudoproboscisporaceae）;Annulatascus aquatica（Annulatascaceae）;Distoseptispora thailandensis,D.yunnanensis（Distoseptisporaceae）。根据过去的研究表明,Annulatasaceae-lik的物种形态较为相似,分类地位易出现混乱。因此,我们需要不断地补充、完善该类群的分子数据,以及提供更加全面、准确的形态信息。本研究为后续合理开发、充分利用淡水真菌资源提供理论基础及依据。