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研究背景:手足口病是一种由肠道病毒引起的常见传染病,其临床症状是患者出现短暂的高热、手足部皮疹与口腔疱疹。部分手足口病会发展成为重症乃至危重症手足口病,患者多并发脑膜炎、脑干脑炎、神经源性肺水肿、肺出血和循环衰竭等严重并发症。中国大陆因手足口病病例数及死亡人数多,所以一直是手足口病重灾区。所幸的是,为更好地预防以及控制手足口病的危害,我国自2016年起上市了手足口病疫苗,并且自那时起,我国手足口病患病率以及病死率大大下降。疫苗虽已起到了很好的作用,但至今为止,我国每年手足口病发病人数仍然较高,重症手足口病患者仍然不少。究其原因,是因为如今市场上流通的手足口病疫苗仅为针对肠道病毒71型的疫苗,而对其他肠道病毒则没有较好的预防作用[61]。深圳市第三人民医院几年前就有研究表明,深圳作为中国地区手足口病发病率最高的城市,其病原谱一直在变化。而对于近几年深圳地区手足口病病原谱描绘的文章却少之又少,急需一个研究对其进行描述。而且,由于对手足口病患者采样时样品类型选择过多（例如咽拭子、肛拭子、粪便、疱疹液等）,又因其患者多为儿童,过多的样本采集往往会对临床和科研工作造成不便且会浪费不必要的人力物力。关于手足口病采样类型的文献描述也相当少,所以,明确手足口病患者样本类型的采集也很重要。研究目的:1.确定2018-2019年手足口病病原谱,为深圳地区手足口病防治策略以及新型疫苗的研制提供依据;2.明确2018-2019年轻/重症手足口病临床特征以及病原相关性;3.比较咽/肛拭子在荧光定量PCR检测中的结果,为临床有效、便捷的样本采集提供实验依据。研究对象和方法学:1.深圳市第三人民医院2018年3月至2019年12月临床诊断手足口病入院患者;2.采用荧光定量PCR与一代测序对其病原亚型进行检查;3.将研究对象临床信息与病原学信息相结合进行分析与统计描述。研究结果:1.2018年深圳地区引起手足口病的主要病原依次为柯萨奇A6（Coxsackie virus A6,以下简称CV-A6）为59.8%（58/97）、柯萨奇A16（Coxsackie virus A16,以下简称CV-A16）为27.8%（27/97）、柯萨奇A10（Coxsackie virus A10,以下简称CV-A10）为9.3%（9/97）;2019年依次为CV-A6为64.9%（63/97）、CV-16为25.8%（25/97）、CV-A10为7.2%（7/97）。2.轻/重症手足口病患者在最高体温、白细胞计数、中性粒细胞绝对值、单核细胞绝对值、淋巴细胞百分比、AST、CRP、CK值中的有差异（P<0.05）。重症手足口病AST的升高概率为46.6%（69/148）,轻症组为33.3%（29/87）。重症手足口病CRP升高概率为75.7%（112/148）,轻症组只有57.5%（50/87）。3.各亚型之间引发重症的概率由高到低分别是CV-A16型为75%（39/52）、CV-A6型为66.1%（80/121）、CV-A10型为37.5%（6/16）。4.手足口病患者的样本在荧光定量PCR检测中咽拭子的阳性率为93.1%（176/189）,而肛拭子则为97.8%（185/189）,且咽拭子的ct值为34高于肛拭子的ct值30。研究结论:1.我们建立了一种多重实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒,其灵敏度高、特异性强、病原覆盖面比现今流通的试剂盒更广;2.深圳地区2018-2019年引起手足口病的主要病原依次是CV-A6、CV-A16和CV-A10,且CV-A16更容易引起手足口病重症病例的发生;3.重症手足口病发病年龄低于轻症患者,且在最高体温、白细胞计数、中性粒细胞绝对值、单核细胞绝对值、淋巴细胞百分比、AST、CRP、CK值比轻症手足口病要更高,更容易发生AST升高、CRP升高的情况;4.对于手足口病患者建议优先采集肛拭子。