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【研究背景及目的】 乙型肝炎是一种由乙型肝炎病毒（Hepatitis B Virus,HBV）引起、对人类生命健康造成严重威胁的传染性疾病。HBV感染已经成为全球性的公共健康问题，它可引起慢性肝病并因可能发展成肝癌和肝硬化给人们带来死亡的风险。据估计，在世界范围内有20亿人曾经感染过乙肝病毒，在中国有9,300万人为慢性乙肝病毒感染者。一些研究证实，在HBV感染过程中，启动子、增强子和其他顺式作用元件通过CpG岛甲基化调控着病毒RNA的转录、病毒蛋白的产生和病毒的复制；CpG岛即使低水平的甲基化也保持有降低病毒蛋白产生的能力。还有研究发现，与基因型B相比，基因型C与侵袭性肝病更为相关；基因型C患者罹患肝癌和肝硬化的风险比基因型B患者更高。本研究通过对中国患者HBV序列CpG岛在基因型B和C中的分布、HBV正常和突变序列间CpG岛长度的差异、HBV CpG岛II的遗传学特征以及CpG岛在不同HBV相关肝病HBV序列中的密度进行分析，目的在于更好地了解CpG岛在HBV表观遗传调控机制中的作用。 【材料与方法】 用“HBV”、“中国”和“全基因组”作为关键词，从美国国家生物信息中心基因库中检索收集至2013年10月30日为止的HBV序列。相关背景资料包括序列长度、所在区域、基因型/亚基因型、来源、开读框架定位和基因功能。排除长度短于3050碱基对或背景资料不全的HBV序列。 320条HBV序列来自HBV感染患者的血清，涉及5种HBV相关肝病：包括急性乙型肝炎(n=26,8.1％)、慢性乙型肝炎(n=200,62.5%)、肝细胞肝癌(n=28,8.8%)、乙型肝炎肝硬化(n=18,5.6%)和HBV引起的急慢性肝衰竭(n=48,15.0%)。序列含有功能正常的基因或者具有明确定义的突变。应用CLUSTALX1.83和Mega5.0程序进行多序列比对和进化分析。 应用MethPrimer软件对HBV的CpG岛进行预测，CpG岛分析的参数设定为：（1） GC含量≥0.5;（2）CpG岛观察与预期的比值≥0.6；（3）片段长度≥100 bps。 应用SPSS软件（18.0版）进行独立T检验来评估CpG岛在HBV相关肝病基因型B和C间的分布是否存在统计学差异。P<0.05表示二者间差异显著。 【结果】 1.320条序列分为基因型B(n=82,25.6%)和基因型C(n=238,74.4%)。在基因型B的82条序列中，有28条正常序列和54条突变序列；在基因型C的238条序列中，有74条正常序列和164条突变序列。 2.72%的基因型B序列含有常规CpG岛I、II和III，76.1%的基因型C序列仅含有CpG岛II和III。14.6%的基因型B和7.5%的基因型C序列含有新见CpG岛IV、V和VI。 3.在基因型B的序列中，正常序列和突变序列间常规CpG岛的长度存在明显差异；在基因型C的序列中，这种差异不明显。在基因型B和C中均观察到新见CpG岛IV，而新见CpG岛V和VI只出现在基因型C中，它们的正常序列和突变序列间CpG岛的长度具有明显差异。 4.对CpG岛II分析发现，它可被“截短”和“中断”。“截短”区域的突变可能与HBV基因的结构或功能异常有关。基因型B序列CpG岛II的“中断”频率比基因型C的高得多。 5.对不同基因型HBV相关的肝脏疾病分析，发现来自肝细胞癌和乙型肝炎肝硬化的基因型C序列缺乏CpG岛I和CpG岛IV。 【结论】 CpG岛在HBV基因型B和C序列中的分布、HBV正常序列和突变序列间CpG岛的长度差异、CpG岛II的遗传学特征均可能改变CpG岛的甲基化状态并进而影响HBV基因的表达调控，导致不同的临床结局。