PPR(pentatricopeptide repeat)蛋白家族是植物中最大的蛋白家族之一。近年来PPR蛋白家族中一个含有PPR和SMR(small MutS-related)结构域的PPR-SMR蛋白亚家族引起了人们的关注。PPR结构域能够序列特异地识别RNA，而SMR结构域具有潜在的核酸酶活性。如果PPR-SMR蛋白中的SMR结构域的内切酶活性被证实，那么PPR-SMR家族蛋白很有可能是一类能够以序列特异的方式精确识别RNA底物的RNA内切酶，从而在RNA操作领域具有广阔的应用前景。　　本研究中我们报道了拟南芥PPR-SMR蛋白SOT1(SUPPRESSOR OF THYLAKOID FORMATION1)具有RNA内切酶活性。我们从拟南芥突变体库筛选到一个叶绿素高荧光突变体sot1-3。sot1-3是基因SOT1的敲除突变体。sot1-3表现为生长缓慢、光合功能下降、叶绿体发育异常和叶绿体翻译效率降低的表型。叶绿体23S和4.5S rRNA成熟缺陷是造成以上表型的原因。SOT1的SMR结构域通过PPR结构域特异识别23S-4.5S rRNA前体5末端一段13nt的序列，从而参与了23S和4.5S rRNA的剪切加工过程，而且SOT1介导了Mini-RNaseⅢ依赖的23S和4.5S rRNA的成熟过程。　　SOT1的SMR结构域兼具DNA和RNA内切酶活性，但是全长的SOT1只有RNA内切酶活性并且能够剪切23S-4.5S rRNA前体5末端的区域。SOT1剪切位点距离23S rRNA成熟体5末端上游40个核苷酸左右。SMR结构域中的TGXG区域对于SOT1的RNA内切酶活性至关重要。改变SOT1中PPR结构域的特定氨基酸位点能够使其识别并剪切预期的RNA底物。　　上述结果加深了对23S和4.5S rRNA成熟分子机制的认识，表明在叶绿体进化过程中出现了新的核酸酶，参与了23S和4.5S rRNA的成熟，拓展了对于PPR蛋白家族既往功能的认识，揭示了PPR-SMR蛋白家族中SMR结构域的未知功能。我们的结果还表明SOT1可以作为一种潜在的工具用于RNA操作。