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鲫(Carassius auratus)是我国主要的淡水养殖鱼类之一。嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是一种典型的人兽鱼共患病原体,该菌除了感染鲫鱼外,还导致草鱼、鲢、鳙等多种淡水鱼类暴发细菌性败血症造成大量死亡。鱼类皮肤在机体抗细菌感染免疫中起重要作用,但皮肤黏膜免疫应答的分子机制仍不清楚。因此,本研究以嗜水气单胞菌感染诱导鲫为试验对象,主要进行组织病理观察、皮肤转录组以及感染皮肤microRNA表达谱分析等三个方面进行研究,获得主要结果如下:(1)人工腹腔注射嗜水气单胞菌感染鲫主要呈现皮肤淤血出血,内脏器官出血、肿大等败血症症状;取病鱼皮肤、肝脏、肠道组织等进行石蜡切片、HE染色组织病理观察,结果显示皮肤表皮角质层变薄、皮肤疏松层和致密层分离、上皮细胞坏死、细胞核浓缩深染,肠道肠绒毛断裂、上皮细胞坏死,肝脏充血、出血,肝细胞水肿体积增大、空泡变性,肾实质损伤、肾小管上皮细胞脱落并半有炎症细胞浸润等病理变化。(2)利用Illumina Hiseq2000高通量测序技术对健康鲫皮肤进行转录组de novo文库构建,结果一共组装获得鲫皮肤相关unigene为4915776个,平均长度为649 bp、N50为1407 bp,在NCBI nr数据库注释有60824(25.16%)个基因,其中在斑马鱼(Brachidanio rerio)基因组有48379(79.54%)个。此外,在鲫皮肤中鉴定出MUC1、MUC2、MUC5B、MUC5AC、MUC18等9种黏蛋白,对鲫、虹鳟、斑马鱼、蛙、鼠和人黏蛋白序列进行多重比对,显示Muc5AC、Muc2和Muc18分别含有C8、CT和Ig_PVR结构域;进一步构建系统进化树分析,发现鲫黏蛋白Muc5AC、Muc2与分泌型黏蛋白关系较近,而Muc18与膜结合型黏蛋白关系较近、自然聚为一支。(3)对嗜水气单胞菌感染不同时间的鲫皮肤组织样本(对照组mSC,感染6h mST1和12h mST2组)进行microRNA表达谱及靶基因预测分析,结果共获得皮肤相关miRNA、rRNA、tRNA分别为69444(13.39%)、29550(5.70%)、10704(2.06%)个;对皮肤差异表达miRNA分析表明,在感染6h(mST1)为829个、12h(mST2)为856个,其中有miR-1688、miR-8089、miR-1908-3p、miR-122、miR-146a、let-7e等53个miRNA共同差异表达(P<0.01),提示这些miRNA参与鱼类皮肤免疫应答的调控过程;对已知miRNA进行靶基因预测获得118111个靶基因,同时在感染6h、12h获得22、15个未知miRNA,分别预测为92783、77568个靶基因。进一步对miRNA靶基因进行GO功能和KEEG信号通路富集分析,其中发现GO生物学过程主要有细胞学过程、代谢过程、生物调节和应激反应等;KEGG分析发现35个免疫相关信号通路,主要包括MAPK、TLR、NLR、NF-kB、JAK-STAT、TCR、BCR、抗原处理和呈递、趋化因子、细胞凋亡、补体系统、吞噬小体等信号通路。以上研究结果,为初步阐明miRNA及其靶基因参与鱼类皮肤黏膜免疫应答的作用机制提供科学参考。