2005年4月(春季)、7月(夏季)、10月(秋季)、2006年1月(冬季)，分别对长江口新生沙洲九段沙潮间带大型底栖动物进行了定性和定量调查研究。共设置了9个采样断面，每个断面的高、中、低潮带均设置采样点。 本次调查采集到83种大型底栖动物，平均丰度442.94ind/m<2>、生物量为40.78g/m<2>。这些底栖动物隶属于4门41科57属，多毛类有12种(占14.56％)，软体动物19种(占22.89％)，甲壳动物43种(占51.81％)；其他3种(占3.61％)。根据盐度适应生态类型，可将它们分为广盐种和淡水种两大类群。其中以近海的广盐种为主，有65种，占78.31％；兼有少量淡水种，18种，占21.69％。 优势种为谭氏泥蟹、梨形环棱螺、绯拟沼螺、琵琶拟沼螺、河蚬、焦河篮蛤、中国绿螂和丝异蚓虫；相对重要性指数值较高的有无齿相手蟹、天津厚蟹、谭氏泥蟹、中华拟蟹守螺、堇拟沼螺、绯拟沼螺、琵琶拟沼螺、梨形环棱螺、中国绿螂、焦河篮蛤、河蚬和丝异蚓虫。 底栖动物以群落的形式出现。本调查发现九段沙潮间带的大型底栖动物有7个主要的群落。高潮带有3个群落，中潮带有3个群落，低潮带有1个群落，依次为：跳钩虾群落，无齿相手蟹-天津厚蟹群落，褶痕相手蟹群落，谭氏泥蟹-拟沼螺群落，中国绿螂-丝异蚓虫群落，焦河篮蛤-河蚬-加州齿吻沙蚕群落，宽身大眼蟹-泥螺群落。 大型底栖动物沿高程分布，高潮带27种，中潮带56种，低潮带59种，潮沟37种。夏季采集到的底栖动物种类数最多，达65种，春季次之，有54种，秋、冬季种类数略少，均为51种。丰度和生物量在秋季最高，夏季次之，冬春较低。沿高程梯度，中潮带的丰度和生物量最高、高潮带次之，低潮带最低。底栖动物丰度、多样性指数由西向东逐渐递增，生物量变化没有明显的规律性。底栖动物的分布主要受高程和盐度、沉积物组成、水文的影响。 与历史资料比对，本次调查所得底栖动物种数增加了一倍，丰度变化不大，但生物量有明显增加，多样性指数增大。底栖动物总种数变化较大，新增加近40种，减少3种。在新分布种中，叉毛锥头虫、跳钩虾为长江口首次记录。九段沙底栖动物的物种变化主要与自然演替、面积淤张、保护加强及采样方法改进等因素有关。 九段沙潮间带底栖动物主要有三个方面的威胁因素：第一，长江来水、来沙减少导致沙洲侵蚀、海水入侵，将导致底栖动物栖息地减少；第二，外来种互花米草扩散剥夺了一些土著底栖动物的生境，受影响较大的主要是中国绿螂等双壳类动物；第三，乱采滥捕经济底栖动物使经济底栖动物资源衰退。建议严格控制对底栖动物资源利用的程度，对九段沙潮间带不宜进行任何形式的滩涂资源开发，保护其良好的生态效果，以获得较高的经济收益和社会效益。