随着2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》正式实施,合作社开始向规范转型。2008年以后,我国开始重视培育新型农业经营主体的发展,尤其是从2013年以后的历年《中央一号文件》可以看到合作社的发展被放到了一个更加重要的地位。在这样的宏观背景下,我国合作社得到迅速发展,无论是合作社的数量、社员的人数还是合作社的经济效率都实现了迅速增长。与此同时,我们也可以看到一个新的现象,就是过去一些虚的合作社开始做实(有了实体),还有一部分做实的合作社过去规模较小,后来规模逐渐变大。另一种出现的新情况是一些联合社的出现,就是合作社联合所出现的一种新的形式。国家在对联合社的方面是持一种默许的态度,强调它的规范发展但是至于如何规范并没有确切的规定。在合作社的发展过程中,中央同步关注农民权益的保护问题,那么在这个过程中农民是否同样得到了好处或其相应的权利是否得到了保障?因此,本篇论文在这样的一个背景下来研究当合作社的经营规模逐渐增加以及它的经营形式发生变化的过程中,其组织结构的变化、管理制度的变化以及组织结构和管理制度的变化对社员权益所带来的影响。本文对社员权益的度量形式有两种,一是经济利益,二是民主管理权利。并在此基础上,考虑了两类成员(核心成员和普通成员)的经济利益和民主管理权利。本文的具体章节是从宏观层面回顾改革开放以来历年的《中央一号文件》、法律法规和其它政策文件,重点关注有关合作社的组织结构、管理制度以及社员权益方面制度的变化,通过变化来发现可能的规律和未来的挑战。从宏观的情况对我国合作社的发展状况进行描述性分析。从微观层面是以北菜园联合社(全国示范社)做为典型案例,来描述和分析其组织结构的变化、管理制度的变化以及组织结构和管理制度的变化对社员权益的影响。通过梳理历年制度文件,本文发现我国合作社的改革逻辑是政府逐渐减政放权的过程,合作社慢慢予以发展,从不规范向规范转型,制度也趋向完善。在这个过程中,由于我国的社会主义性质,中央文件就特别强调一人一票(农民的平等权利),但是合作社早期的发展更多地依靠"农村能人"稀缺的生产要素,如:物质资本、市场营销能力、社交网络等来促进合作社的发展,因此核心成员和普通成员的投入和索取不同、资源禀赋不均衡,做到完全平等可能只是制度层面和文件层面上的初衷。就联合社而言,国家对联合社没有清晰明确的定义,同时对联合社是虚的联合还是实的联合没有明确引导,如果是实的联合其基层社应该取掉,如果是虚的联合,国家促进联合社的发展是促进其能够扩大规模、能够和企业对抗、能够形成其竞争力,但是也有可能带来管理上的混乱(如同一套班子注册了不同的合作社),会使得国家的补贴分散化,在这种联合的过程中,如果制度设计不好,更有利于形成核心成员既得利益的保护,而对普通成员的权益并没有起到同步提升的作用。这些发现是可能存在争议的地方。然后根据组织结构、管理制度变化的关键节点将北菜园联合社划分为三个时期,来分析三个时期中合作社的组织结构变化、管理制度变化以及组织结构和管理制度的变化对社员(核心成员和普通成员)权益的影响。在合作社的发展早期,合作社实行简单的组织结构和家长集权制的管理方式,由于核心成员投入较高、压力较大,属于高风险、低收益的情况,为了让合作社在市场中获得生存,必须集中力量,这时核心成员是绝对担当,而普通成员可能是观望态度,虽然合作社按照《合作社》和国家相关规定在响应政府的号召下成立,但这些规定只是名义上的,实践中不可能按此操作。合作社在发展中期效率得以提高,规模得以扩大,经济总量有所增加。合作社在发展后期(联合社时期)组织结构非常复杂,经济总量扩大,但增速相比中期下降。在此过程中,合作社的经济效益提高,普通社员收入提高,有更多的农民想加入合作社,普通社员希望得到的更多,希望有更多的权利能够表达自己,能够参与决策,或能够对合作社形成影响,其主人翁意识提高。但在这个过程中,由于能人在合作社发展初期付出的较多,需要回报,而已经获得回报的能人,希望能够持续不断地获得回报并向其倾斜。在这里形成了核心成员和普通成员的责权利不对等问题,两者间存在非均衡问题。当合作社的效率能够增长时,它可以维持,当合作社的效率不能继续增长时,矛盾会继续存在。通过本文研究发现,合作社的组织结构和管理制度均存在"名"与"实"的偏离。我国合作社的发展特点是以能人带动型,因此这种类型就决定了合作社是效率优先型,但是当合作社发展到一定的程度时,公平变得更加重要,尤其是对于大型合作社,其民主管理制度如何来进行运行,而这种民主管理制度也不能完全实行一人一票制,极需提出一套切实有效的即能够保障社员权益又适合现代企业管理的民主管理制度。