21世纪以来，台湾当局通过政策调整推动产业结构转型并没有带来经济的稳定成长。本研究通过系统评价方法对台湾产业结构转型效果进行评估，显示近十年来产业结构转型推动成效不佳。整体经济系统的优化并不是连贯、持续的，产业结构转型并没有使经济增长性和稳定性得到根本改善。造成产业结构转型困境的原因一方面在于，21世纪以来美日欧经济环境总体变迁给台湾产业的外需结构带来深重影响，从而使台湾产业表现总体逊色于20世纪90年代，另一方面则是台湾产业结构中固有的生产要素劣势和生产方式弊端等瓶颈因素从根本上影响了产业政策的有效性，从而使转型无法带来相应的经济效果。台湾长期面临的产业结构问题本质上归结于:竞争力不足的结构“虚高度化”，而产业竞争力整体不足的状况又与战后以来产业政策弊端的长期积累有关，而近十年来台湾产业结构转型政策存在盲区和弊端，对于克服这些固有的瓶颈因素缺乏针对性。从转型条件来看，台湾产业根本上需要一个通过战略性产业技术的基础研发促进商业化的产业创新过程，以核心技术产业化推动形成主导产业（群），才可能提升产业结构高度化的水平，彻底解决高科技产业链竞争力不足以及代工生产模式的问题，并带动服务业拓展市场空间、提高效率和区域影响力。2008年以来马英九当局的政策调整为台湾产业结构根本转型带来了机遇，使产业发展出现一定转机。未来台湾可以利用两岸产业的互补优势，通过两岸产业技术创新合作，在某些新兴产业领域内获得占领全球产业技术制高点的机会。以高端技术推动产业链布局，形成两岸共有的以自主技术研发创新为基础、以两岸市场为产业化培育土壤、并向全球市场延伸拓展的新型产业链。　　本研究尝试以经济系统分析视角考察21世纪以来的台湾产业结构转型问题，并围绕三个基本问题展开。首先探讨21世纪以来台湾产业结构转型的效果，其次，分析产业结构转型陷于困境的原因，进而剖析战后以来产业政策弊端积累下来形成的结构性瓶颈，最后分析台湾产业结构转型发展的前景。主要创新点有如下几方面:　　一是研究视角的创新。对于台湾产业结构转型成效的研究，现有著述往往采取一般性的论述。而本文尝试引入规范性的研究方法，以经济系统观考察台湾产业结构转型，尝试设定评判指标对转型效果进行综合评判。　　二是对台湾产业结构问题本质的剖析。以往的研究对于产业转型问题通常从个别产业或整体经济表现的角度切入，而本文以经济系统视角审视台湾产业结构问题，更加重视产业结构作为一个系统整体所具有的结构效应，通过对产业结构转型背后产业结构高级化的内在效果及高度化水平的讨论，把台湾产业结构症结的实质归结为竞争力不足状况下产业结构“虚高度化”问题。　　三是充分考虑产业政策问题的历史纵深，深入挖掘产业结构转型瓶颈的政策根源。通过与韩国制造业政策沿革的对比，系统分析21世纪以后台湾经济低迷和产业转型困境出现的内在原因，对产业组织政策、产业技术政策和相关配套政策沿革进行梳理和比较研究，同时与新加坡和香港的服务业政策进行比较研究。