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氨氧化古菌(AOA)在硝化作用的氨氧化过程中起重要作用，对因大量人为氮排放造成富营养化河口、湖泊以及近海生态系统的修复作用具有重要意义。然而，目前对淡水湖泊生态系统，尤其是其河口沉积物中氨氧化古菌群落结构的研究还不够深入。本文在2010年3、6、9和12月期间，以流入巢湖的南淝河和新河入湖河口为对象，主要利用微生物分子生态学技术和分析方法，比较研究这两个河口沉积物中氨氧化古菌群落的分子多样性、群落结构和丰度的时空差异，并对其与沉积物环境因子之间的关系进行了相关分析。主要结果如下：
(1)就同一河口来说，沉积物的理化参数都具有明显的季节性变化，但是表现规律不相同，如pH值在12月份最低，并明显低于其它3个月份；NH4+-N、NO2-N、NO3-N和OrgN含量则在9和12月份含量较低，而在3和6月份含量较高。就同一月份来说，两个河口之间的沉积物温度和pH值相差不大，但是NH4+-N、NO3-N和OrgN含量均存在差异一。
(2)利用PCR-RFLP对两个河口4个月份采集的沉积物样品进行amoA基因的分子多态性分析，结果共获得24个OTU，其中的3个仅属于南淝河，10个仅属于新河，而11个属于两个河口共有。
(3)对于AOA群落多样性指数(H和S)和丰度指数(SChao1)来说，两个河口在一年内呈现相同的变化趋势，即H和S最大值和最小值分别出现在6月份与12月份；在同一月份内，两个河口的多样性指数与丰度指数存在差异，即在3和12月份，南淝河河口的H、S和SChao1均大于新河河口，而在6和9月份则与之相反。
(4)PCoA分析结果表明，南淝河河口3、6和9月份的沉积物样品中AOA群落聚在一起成为独立的一组，新河河口6和9月份以及南淝河河口12月份样品的AOA群落聚集成为另外一组，同时新河河口3和12月份的各自独立成为一组
(5)群落结构相似性分析得出，南淝河河口沉积物中各个月份间的种群重合度(Jabund)在0.43-0.81之间，而新河的值在0.17-0.58之间；而同一月份两个河口的AOA种群重合度在0.31-1.00之间。
(6)BLASTn比对分析得出，南淝河与新河河口沉积物中的AOA种群主要与来自农业土壤、淡水河流和湖泊沉积物中的AOA同源性较强，而两个河口也存在一些特有的AOA种群。系统进化树分析结果表明，两个河口的24个OTU归属于6个分支(cluster)，其中clusterD仪包含一个来自新河河口的OTU，而其它分支所包含的OUT均来自两个河口。
(6)qPCR分析结果表明，在一年内两个河口沉积物的古菌amoA基因拷贝数存在较大差异，即南淝河在6月份最低，为4.29×106个/g沉积物，12月份最高，为7.26×107个/g沉积物；而对新河来说，从3月份最低的9.53×105个/g沉积物升至12月份最高的2.24×107个/g沉积物。
(7)CCA分析得出，两个河口沉积物的温度，NH4+-N和NO2-N浓度对AOA群落多样性及种群分布有很大影响；斯皮尔曼秩相关系数的结果显示，沉积物中TN和OrgN含量对AOA丰度影响显著。