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本试验通过利用16S rDNA序列分析和DGGE技术比较不同粗饲料和蛋白质饲料条件下荷斯坦奶牛瘤胃纤维降解菌和蛋白降解菌的多样性。试验Ⅰ：为了比较奶牛瘤胃中不同粗饲料粘附细菌菌群结构，选择3头体况相近、健康、装有永久性瘤胃瘘管的荷斯坦奶牛，将苜蓿与全株玉米青贮混合粗饲料日粮（MF）和单一玉米秸秆日粮（CS）分别装入尼龙袋，在瘤胃中孵育24h后取出，磷酸缓冲液洗脱获得饲料固相粘附微生物，剩余的饲料残渣是固相超紧密粘附微生物，分别提取总DNA，利用DGGE分析细菌群落结构。结果表明，不同粘附程度的固相细菌的DGGE图谱条带数目和颜色深浅存在较大的差异，而粘附程度相同的不同粗饲料的DGGE图谱条带相似。两种饲料的瘤胃固相紧密粘附细菌的Shannon-Wiener多样性指数，CS高于MF（P<0.05），相比于固相紧密粘附细菌，固相超紧密粘附细菌的Shannon-Wiener多样性指数更高（P<0.01）。不同粘附程度的固相细菌差异条带近源种分别归属于Brevundimonas，Prevotella，Pseudobutyrivibrio，Clostridium。结论：粗饲料类型和粘附程度影响细菌多样性，其中固相超紧密粘附细菌的多样性较高。试验Ⅱ：为了研究不同蛋白质饲料瘤胃蛋白降解率与瘤胃蛋白降解菌之间的关系，将苜蓿与全株玉米青贮混合粗饲料日粮（MF）和单一玉米秸秆日粮（CS）分别装入尼龙袋，瘤胃孵育0h、3h、6h、12h、24h、48h后取出，磷酸缓冲液洗脱获得饲料固相粘附部分，分别提取DNA，结合PCR的克隆文库和16SrDNA序列分析技术研究豆粕和玉米蛋白粉两种蛋白饲料对瘤胃蛋白降解菌群落结构的影响。结果表明，豆粕和玉米蛋白粉两种蛋白质饲料在瘤胃内的降解率随时间的延长逐渐升高，且豆粕组和玉米蛋白粉组之间存在显著差异（P<0.05）。源于Fibrobacteres和Spirochaetes等门的细菌只出现在豆粕组，玉米蛋白粉组中不存在。来源于Acetivibrio、Lachnobacterium、Oscillibacter、Pseudobutyrivibrio、Selenomonas、Tannerella、Treponema等属的细菌只存在于豆粕组，玉米蛋白粉组却没有。结论，不同蛋白质饲料条件下瘤胃蛋白降解菌的群落结构存在差异。