投资者保护制度是现代资本市场健康发展的基石，而证券投资者保护基金是其中一种重要的投资者保护形式。发达国家证券市场的实践证明,证券投资者保护基金对于树立投资者信心、防范和化解证券市场风险、保障证券市场稳定健康发展发挥十分重要的作用。其运作模式事关投资者保护制度能否顺利进行，特别是对于处于转轨时期的中国证券市场，证券投资者保护基金的成功运作显得更为重要。对于投资者保护基金的健康运行，法律制度有效和清晰的执行需要有准确的量化标准为基础。本论文针对证券投资者保护基金的管理与运作特点，综合运用系统工程、复杂系统建模、倒向随机微分方程的方法，以保护中小证券投资者为目标，将证券投资者保护基金的融资收入和资金支付作为一个系统，建立了基于倒向随机微分方程的系统模型，研究证券投资者保护基金的收费、投资、赔付与目标实现之间的关系。并且在考虑有风险资产和无风险资产两种情况下分别给出了不同的理论解。在理论模型的基础上，本论文对我国投资者保护基金的目标、收费和投资范围进行了测算。根据测算结果，与现有证券投资者保护基金的相关条例进行了比较分析和评价，从而发现：在没有拓展基金来源的情况下，按照现有规定的投资范围和收费标准建立的投资者保护基金的安全性较差，远远不能发挥证券投资者保护基金公司应有的作用，在当前的法律法规制度和政策下，证券投资者的保护需求与证券投资者保护基金的管理实践存在一定差距。为此，本论文提出了扩大投资范围和调整收费标准两种方法以供参考。