随着我国经济快速发展，水资源短缺和水环境恶化问题日益严重，如何统筹协调经济发展与生态环境保护之间关系备受关注，而流域生态补偿制度正是通过制度创新统筹协调经济与环境的一种行之有效的手段。　　在文献研究和实际调查的基础上，本文对流域生态补偿制度作了总结、分析与展望。首先，梳理了关于流域生态补偿内涵、理论基础、补偿方法以及补偿模式已有的文献。其次，构建了包括“谁补偿”、“补多少”、“补给谁”、“怎么补”在内的流域生态补偿制度，着重构建基于效率与公平兼顾的门槛式补偿模型回答“补多少”的问题。然后，分析了全国首个跨省流域生态补偿试点——新安江试点的案例，指出新安江一期试点过程中存在的问题，并由此构建一套适合于新安江流域生态补偿的制度体系，其中着重使用基于效率与公平兼顾的门槛式补偿模型核算新安江流域补偿的金额，2013年黄山市在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类水质下应得的补偿金额分别为28.49亿元、23.93亿元以及22.95亿元，同时使用基于排污权角度的机会成本法和水资源价值法测算补偿金额，发现三种方法测算出的金额是比较接近，从而验证了门槛式补偿模型的合理性。最后，在一系列理论分析和案例研究的基础之上，提出了完善流域生态补偿的对策建议。　　本文的创新点主要有：第一，研究视角的创新，本文基于效率与公平兼顾的视角研究流域生态补偿制度。经济学学者侧重于“效率优先”的角度研究流域生态补偿制度，在实施生态补偿时着重考虑如何通过经济手段提升整体流域生态环境质量；法学学者侧重于“公平至上”的原则，在实施生态补偿时着重考虑如何通过法律保障弱势群体的生存和发展。本文则在“效率优先”的基础上，充分融入“兼顾公平”的理念，兼顾流域生态补偿利益主体间的效率与公平，具体研究谁补偿、补偿谁、补偿多少、怎么补偿的问题。第二，构建模型的创新，本文构建的门槛式流域生态补偿模型充分考虑流域水质水量的因素。一方面，在保护水质补偿的基础上，提出了门槛式流域生态补偿，即有区分的进行生态补偿，不同水质的补偿金额应各不相同；另一方面，提出了“优质足量”补偿模型，即补偿时不仅需要考虑水质的问题，也要考虑水量的问题。