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本研究通过对PCR热循环条件、特征峰值识别、等位变异赋值以及多重电泳体系构建等进行探索,以检测结果准确、稳定、快速为原则,建立基于SSR荧光标记的小麦品种高通量检测技术,并应用于2014年区域试验品种的特异性、一致性、稳定性和真实性鉴定,以及2009-2013年河北省区域试验品种的DNA指纹图谱构建和遗传差异分析。研究结果如下:1、对PCR反应的热循环参数进行摸索,减少了PCR产物非特异性扩增。分析毛细管电泳峰形的特征,对特征峰值和非特征峰值进行识别,确保读取数据的一致性和准确性。利用参照样品,将42对标记各个等位变异的参照品种进行赋值,同时确定了每对SSR荧光标记的具体峰值片段范围,为多重电泳构建立奠定基础。2、将不同荧光标记或峰值片段范围不同的相同荧光标记进行分组,根据品种鉴定需要,构建6-8重电泳组合,同时对不同荧光的PCR产物的混合比例及电泳体系体系进行优化。结果表明,毛细管电泳方法的检测效率、准确性、灵敏度均高于垂直板凝胶电泳方法,并将两种电泳方法的检测数据进行有效转换和分析,确保前期小麦DNA指纹数据库的持续应用。3、构建了179个参试品种的DNA指纹图谱,对不同组别品种进行遗传多样性分析表明,北部麦区遗传多样性最丰富,黄淮南片和河南省区域试验品种最低。其中16个品种一致性较差,4个品种不具备真实性。4、采用42个SSR标记构建2009-2013年70份河北省区域试验小麦品种的DNA指纹图谱,并进行遗传差异分析。结果表明,42个SSR引物在70份品种中共检测到303个等位变异,平均等位变异7.21个,平均PIC值0.69;平均基因多样性0.73,品种间的遗传相似系数变化范围为0.05~1.00,平均0.28;表明河北参试品种间存在较大的遗传差异。聚类分析把70份小麦品种可划分为4大类、6个亚类,表明同一育种单位或地区的品种遗传背景相近。