知识产权保护已成为各国发展经济和参与竞争的关键因素之一。我国掌握了以杂交水稻为代表的一批水稻核心技术,加强对水稻知识产权的保护,不仅关系到我国水稻科技的发展,而且关系到今后水稻种业的安全和国家粮食安全问题。本文从水稻知识产权的基础理论入手,介绍了国内外水稻知识产权保护的相关法律和法规,分析了我水稻知识产权的使用与管理现状,以及对植物新品种保护的实践。近年来,种子企业的科研与育种队伍建设取得巨大进步,已经成为当前我国水稻育种的重要力量和水稻知识产权的主要申请者之一。近年来,水稻新品种权申请和授权数量增加较快,但占审定品种总数的比例仍然偏低,且存在杂交水稻新品种权比常规水稻新品种权更受到种业公司的重视等问题。水稻专利主要分布在从水稻的基因到产后加工的整个水稻产业链；自《专利法》实施以来,授权专利数量虽多,但成功实现产业化的比例低；可喜的是水稻基因专利的申请已经得到各级政府与科技人员的重视。杂交水稻新品种名称“国丰1号”使用权与“国丰”注册商标专用权之争,实际是杂交水稻新品种权背后的商业利益之争,是科研单位在市场意识与法制意识方面落后于企业的具体表现,也是科研单位市场意识觉醒的象征。我国稻米产品地理标志保护工作促进了稻米产业化、规模化的发展,增加了农民的收入,但稻米产品地理标志品牌保护意识和市场监管有待进一步加强。在水稻商业秘密的保护工作上,企业的具体措施比科研院所要具体、有效,科研院所对于水稻商业秘密的保护比企业更加急迫。现阶段水稻知识产权主要有“自主开发”、“买断或特别许可使用”、“科研单位+公司合作开发”三种转化方式。尽管如此,目前仍仅有13.87%的发明专利成功实现产业化,而水稻新品种权的转化率达到80%以上,说明水稻新品种权是我国水稻知识产权最成功的转化形式。科研单位对知识产权的宽泛管理、企业对知识产权的急切需求、相关法律法规的滞后是造成现阶段水稻知识产权侵权现象严重、保护工作困难的主要原因,也是现阶段水稻知识产权保护工作的主要特征。而科研院所与企业展开合作,可以增强企业对市场的调控能力,增强科研院所的经济活力,实现科企优势的互补。通过对我国现阶段水稻知识产权的现状、科企合作情况的分析,以及通过对水稻知识产权保护体系的分类调查与实证分析,发现当前水稻生产上存在审定品种过多；企业育种创新投入少特别是来自于国家政策层面的经费支持少；我国种子企业发展时间短、实力弱,广大农民对水稻知识产权的保护意识弱等问题。为此,笔者提出了适当提高我国水稻新品种的审定标准,把握好水稻新品种的投放数量与节奏；鼓励企业进行育种创新,打造公益性水稻研究机构的公共服务平台；不断完善知识产权保护的法律法规,充分保障产权人的利益；加强宣传培训,提高全社会的水稻产业知识产权保护意识；综合利用水稻知识产权保护体系,以杂交水稻为突破口,整合国内资源,打造民族种业、民族米业品牌等5项具体的对策与建议。