草鱼是我国重要的淡水养殖鱼类，作为我国水产养殖的主打品种已有近60年的历史，但品种培育发展滞后。良种匮乏导致草鱼病害频发，造成巨大的经济损失，严重制约着草鱼养殖业的发展。本研究结合生物信息学、分子生物学和遗传学分析方法，筛选草鱼出血病相关基因，并进行功能研究，以期为草鱼的抗病分子育种奠定基础。本论文进行了以下几方面的研究:　　 1.草鱼出血病进程中的基因表达谱分析　　 运用新一代测序技术对草鱼出血病进程中的28个样品进行表达谱测序。平均每个样品测到7247820个reads，测序总长度355M，能够与草鱼基因组匹配的reads占78.62％，唯一匹配的reads占72.10％。脾脏、肝脏、鳃、肠的差异表达基因分别5268、3684、3368、2741个。G(O)注释和分类结果，结合哺乳动物和人类已有研究，我们推测JAMA是草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的受体基因。　　 2.草鱼和稀有鮈鲫JAMA基因的克隆　　 同源克隆法克隆了草鱼和稀有鮈鲫JAMA基因的cDNA序列和基因组序列.草鱼JAMA基因的cDNA全长1784bp，3’-UTR798bp，开放阅读框区888bp，预测编码295个氨基酸。稀有鮈鲫JAMA的cDNA的全长1773bp，3’-UTR882bp，开放阅读框区891bp，预测编码296个氨基酸。经结构预测，JAMA是包含信号肽、胞外区、跨膜区和胞内区的膜蛋白。比较草鱼、稀有鮈鲫、斑马鱼的cDNA序列，相似性高达80％。斑马鱼和草鱼JAMA基因组包含10个外显子，9个内含子，而稀有鮈鲫没有内含子。分析草鱼JAMA序列，发现7号内含子中存在(GA)n重复序列，3UTR区含有一个(GT)n重复序列。　　 3.JAMA的转录表达分析　　 荧光定量PCR分析JAMA的转录表达情况:JAMA在草鱼、稀有鮈鲫、斑马鱼胚胎时期的表达具有很强的母源性，未受精卵的表达量最高，出膜时几乎不表达;JAMA在草鱼的鳃、肝脏、肠、中肾高表达，血液、脑、脾脏、头肾表达量相对要低，且二龄草鱼的鳃、脑、肝脏、脾脏、肠、中肾的表达量显著低于一龄个体，与草鱼二龄个体GCRV不易感，一龄易感的现象一致;攻毒后，中肾JAMA的表达先上升、后降低，总体上讲，二龄个体的JAMA在GCRV感染后一直维持在较一龄个体低的表达水平。　　 4.JAMA在CIK细胞攻毒过程中的功能研究　　 RNAi技术敲低JAMA在CIK细胞中的表达，并建立了稳定细胞系。GCRV攻毒后72小时，JAMA敲低组的存活率显著高于对照组，敲低JAMA的表达可以显著抑制GCRV引起的细胞凋亡。荧光定量PCR检测干扰素系统基因和Apoptosis通路相关基因的表达，发现敲低JAMA的表达显著地抑制了干扰素系统效应分子Mxa和IFNY的转录表达，Apoptosis通路的凋亡因子Caspase8的也受到显著抑制。说明JAMA是干扰素系统和Apoptosis通路的上游基因。　　 5.JAMA微卫星标记与草鱼出血病抗性的关联分析　　 分析草鱼JAMA7号内含子的(GA)n和3UTR的(GT)n的不同基因型和等位基因在GCRV易感组和抗性组中的频率，发现(GA)n的A等位基因表现出强易感性，C等位基因表现出了显著地抗性。(GT)n的β和ε等位基因表现出较明显的易感性，而α/δ基因型个体表现出较显著的抗性。　　 本研究首次克隆了草鱼和稀有鮈鲫JAMA基因，转录表达分析和细胞学实验的证据表明草鱼JAMA可能是GCRV的受体基因。首次发现JAMA的不同基因型与草鱼出血病的抗性和易感性相关，是潜在的抗病育种靶标基因。