学术权力与行政权力是高校内部的两种基本权力，其存在的客观性与两者的本质特征决定了两者关系的复杂性。在各国高等教育的实践中，学术权力与行政权力之争也一直是高校内部权力博弈的焦点与热点。本文在对学术权力和行政权力两者进行概念界定、辨析及对两者存在基础和相互关系分析的基础上，对国外高校学术权力与行政权力关系三种典型模式进行解读，并对我国高校内部权力结构的背景因素--外部领导体制、内部管理体制、内部权力机构三个重要方面逐一考察。通过与15位高校工作人员的深入访谈，了解到学术权力和行政权力在实践中的运行状况。高校中各层次对两种权力的定位基本准确，但行政权力仍然较为强势，学术权力发挥作用相对有限。两个权力系统有自身的建设问题，彼此之间也存在诸多“不满”，两者之间缺乏沟通，出现冲突也没有完善的解决机制。通过对相关文献资料的分析，本文对我国高校内部学术权力与行政权力的关系进行进一步理论探讨。在高校内部，学术权力的缺位表现为学术权力机构不完善、体系发展不成熟，受到行政权力的压制；另一方面，高校作为事业单位的性质定位导致行政权力的强势地位，但在行政权力系统内部，权力重心偏上，权力民主化程度不够，对基层行政人员的关注不够。而学术与行政的“双肩挑”则有可能导致两者的“共谋”，高校权力运行中存在的监督盲区对于学术权力与行政权力也缺乏有力的保障。在一个既定的体制下，高校应对权力重新认识，实现行政的专业化运作，完善相关制度，实现权力的制度化运作，通过适当分权、加强学术权力系统与行政权力系统的沟通、引进监督机制，以改善两者之间的关系。