伴随着我国社会经济的跨越式发展,人类活动对自然生态环境和资源的影响越来越大,造成了环境污染、生态功能退化、物种减少等一系列严重问题。而这些问题反过来又影响到国家经济的可持续发展。建立自然保护区的目的,在于保护自然生态环境和物种多样性、维持生态功能。为了实现这些目的,就必须限制或禁止保护区内及周边居民开发利用当地的自然资源,迫使他们不得不放弃世代遵循的生活、生产方式,甚至要迁出生长于斯的家园。由于他们对保护自然环境做出的巨大牺牲,其他社会成员才能享受到自然保护区所提供的生态利益。由生态环境利益的受益者向为提供该利益而受有损害者提供补偿,不仅符合公平理念,也是保证自然保护区有效发挥作用的需要。但是,目前我国自然保护区生态补偿机制尚未形成系统,实践中也存在很多问题。给自然保护区的建设管理,和保护区居民生产生活都造成了严重的不良影响。因此,构建更为完善的自然保护区生态补偿机制意义重大。本文共分为四个部分。第一部分为引言。第二部分阐述生态补偿内涵和概念。该部分首先对生态补偿概念的理论依据进行说明,包括属于经济学范畴的公共物品理论、外部经济性理论,以及属于行政法范畴的公平正义理念和行政补偿理论；其次通过对我国不同时期对环境保护不同认识的记述,得出生态补偿的定义,并分析生态补偿的行政补偿属性；最后,在之前论述的基础上,分析自然保护区生态补偿具有特别内涵,并界定定义,归纳特点。第三部分对我国现有自然保护区生态补偿的相关实践进行了梳理,得出我国尚未建立完整系统的自然保护区生态补偿机制的结论。通过对外国相关补偿实践成功经验的借鉴,寻找如何完善我国补偿机制的启示。指出目前补偿实践存在的主要问题包括：立法缺失、补偿标准不合理、补偿方式单一、补偿资金来源不足、自然保护区土地权属不清、受偿主体缺乏参与。第四部分针对上述存在的问题,提出自然保护区生态补偿机制的基本原则,从完善立法,确定补偿标准、扩展资金来源、保障公民参与、实现长效作用几个方面,对如何完善自然保护区生态补偿机制提出建议。