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本研究以58个不同黄萎病抗性的海岛棉(G. barbadense)、陆地棉(G. hirsutum)和海陆杂交后代的M4、10Q、M37株系以及陆陆杂交后代的M44株系作为试验材料,在人工病圃种植,于苗期接种黄萎病菌,并于各生育阶段统计病菌侵染程度和病情指数。测定大田种质资源的农艺性状指标、产量性状指标,并将两者指标与各品种抗性进行关联性分析;使用11对与抗黄萎病基因连锁的SSR多态性引物对20个不同抗病、感病的海岛棉与陆地棉品系进行SSR-PCR扩增分析,计算各抗病品种扩增条带与抗性性状的一致程度。试验结果如下:1.本试验供试的58个棉花品种(系)中,海岛棉相对病指介于11.59-44.10,平均值18.54,其中抗病7个,占所测定棉花38.89%,陆地棉相对病指介于15.21~50.00,平均值33.32,对抗病性分析结果表明,海岛棉抗病性高于陆地棉;海陆杂交后代群体中,M4株系相对病指平均值为22.31,无高抗单株,10Q株系相对病指均值为20.51,有不染病单株,可得10Q群体抗黄萎病性比M4群体略强;M37株系相对病指介于0~41.50,平均值24.49,其高抗单株占供试材料的15.00%,而陆陆杂交后代M44株系感病单株多,相对病指介于15.52~54.60,平均值39.23,可得M37群体抗黄萎病性强于M44群体。2.陆地棉抗性品种的相对病指与单株蕾铃数存在显著负性关联,与株高、单株有效蕾铃数存在极显著负性关联;海岛棉抗性品种的相对病情指数除与单株有效蕾铃数存在显著负性关联,与其他田间农艺指标无关联性或关联不明显;M4株系的相对病指与株高存在显著负关联性,与单株有效蕾铃数存在极显著负关联性;10Q株系的相对病指与单株有效蕾铃存在极显著负性关联,与有效果枝数存在显著负性关联;M37株系的相对病指与株高、蕾铃数存在显著负性关联,结果同海岛棉抗性关联的株高指标一致;M44株系的相对病指与株高存在显著负性关联,与单株蕾铃数、单株有效蕾铃数存在极显著负性关联。3.陆地棉黄萎病抗性品种的相对病指与单铃纤维重量存在显著负性关联,与衣分存在极显著负关联;但是海岛棉抗性群体的相对病情指数与其产量性状不存在显著关联。M4株系产量性状和衣分具有极显著正性关联;1OQ株系相对病指与单铃纤维重量、衣分具有极显著负性关联;M37群体的相对病指与棉株衣分具有极显著负性关联;M44群体的相对病情指数与单铃纤维重、单铃棉重具有显著负性关联,与衣分具有极显著负性关联。结果可得棉株发病程度对单铃棉重、衣分、单铃纤维重影响大。4.结果筛选到VM15、VM18、VM22、VM23和VM32共5对分子标记能够获得特异性产物,该标记是根据抗病相关的mRNA序列、Protein基因序列和基因组序列设计合成的。计算可得引物VM32、VM15、VM23获得的特异性产物与棉株抗病性一致率分别是1.000、0.857、0.857,均高于0.800,因此获得的6条特异性条带含有需要的目的抗性基因。