本文应用2013年H大学8838名本科生的就读经历调查数据,探讨研究型大学本科生学习投入的学科差异,包括：最能有效区分学习投入差异的学科分类维度及其分类框架下学生学习投入的现状、学科对学生学习投入的净影响,以及不同学科学生学习投入的影响因素的异同。研究发现：最能够体现H大学学生学习投入差异的学科分类维度是纯学科和应用学科。应用学科学生在学习挑战度、课程参与、师生互动上的得分均高于纯学科的学生,应用学科学生更频繁地接受学业挑战、更频繁地与教师在课内外互动交流,更积极地投入课程活动,而且应用学科的学生比纯学科的学生消极学习行为更少。进一步回归分析发现：学科、学生入学特征以及院校环境对学生的学习投入共同产生影响。学生的学习投入主要是受院校环境和学生入学特征的影响,受学科的净影响较少。学科对于学生学习投入的影响表现在消极学习行为维度。从经济阶层看,家庭所处经济阶层较高的学生学习投入的水平会相对更高。从大学目标看,学生学习和生活目标对学习投入没有显著影响。从专业教育质量来看,专业教育教学效果对学习挑战度、师生互动、课程参与是显著的正影响,对消极学习行为有显著的负影响。从学习障碍来看,工作责任、课余活动、情绪因素是影响学生学习投入的重要因素。研究还发现,应用学科学生的学习投入比纯学科学生的学习投入更多地受学生入学特征、院校环境的影响。专业教师的教学水平、教学投入、教学效果对两类学科学生的学习投入都影响较大。上述研究结果启示我们：尊重不同学科学生学习投入差异,有针对性地提高不同学科学生学习投入;提高教师的专业教育水平和教学投入；为低收入阶层、高年级以及女生群体提供更多学业支持。