专业性强、事实认定困难、审理期限长、审理难度大等是建设工程施工合同纠纷案件固有的特点，最高人民法院于2005年1月1日施行的《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》虽然在一定程度上起到了统一该类案件执法尺度的作用，但伴随着建筑业蓬勃发展，建筑市场操作不规范，监督管理不到位，以及法律规定不完善等原因致使大量案件涌入法院，新问题、难问题频现，这些现实情况均需要在建设工程施工合同领域制定新的规则。　　本文试图在分析宁海法院2011年-2015年建设工程施工合同纠纷案件特点、成因的基础上，探讨当前审理中的疑难问题，提出完善建议，以促进建筑市场的有序发展。　　文章第一部分，以宁海法院的2011年-2015年建设工程施工合同纠纷案件的统计数据为依据，归纳总结该类案件的特点并分析其成因。案件的特点主要表现为：审理期限较长、上诉率高、鉴定案件数量多、标的较大、主体复杂、违法违规现象严重。造成这些特点的原因为：案涉因素复杂且利益重大、法律法规不完善、对法律的理解与适用不统一、市场监管不规范。　　文章第二部分，探讨了当前建设工程施工合同纠纷案件审理中的疑难问题。首先是统计了该类纠纷的法律渊源，从查找法律渊源的过程中，发现法律法规的规定比较笼统，实务操作性不强。其次分析了不同主体的权利义务。主要涉及到发包人、承包人、实际施工人、项目经理的权利界限等。主要结论，除非有司法解释的特别，实际施工人主张权利需遵循合同相对性原则。至于项目经理加盖项目部专用章、对外借款、接受工程款等行为的效力，要具体情况具体分析，从授权权限、行业惯例、实际操作规程等方面，判断是否构成有权代理或者表见代理。第三，分析和认定不同性质的合同。其中非法转包合同、违法分包合同、挂靠合同系无效合同。经招投标后签订的与中标合同实质性内容不一致的合同亦系无效合同。内部承包合同的倾向意见为有效合同。建设用地规划许可证、建设工程规划许可证可影响合同效力。第四、探讨工程验收与结算，包括工期的认定、工程量的认定、工程质量验收和黑白合同下工程款的结算四个方面，结论是，建设工程具有其他一般合同所不具有的特殊性，周期长、高度复杂，不是所有因素都能在合同签订时被预期，情事变更原则可以在此适用。黑白合同的结算在原则上应遵守法律的规定，特殊情况特殊对待。第五，探讨优先受偿权的主体、范围、行使期限和行使方式，因为优先受偿权的问题点多面广，法律规定不完备，要具体情况具体分析，平衡好各方利益。最后、讨论违约责任处理的问题。违约金应以实际损失为基础，综合考虑案件实际情况，结合合同的履行情况、分析当事人的过错程度予以调整。而利息与违约金性质不同，可以同时主张。　　文章第三部分对建设工程施工合同纠纷处理机制的完善措施进行探索，并提出以下几个建议：制订与修改法律规范、监督招投标程序、监管建设过程、规范第三方评估、统一法律解释与适用。　　文章第四部分是结语，全面总结了建设工程施工合同纠纷案件的审理难度，得出了必须完善立法、加强监管、统一法律理解与适用才能从源头上解决纠纷的结论。　　的结算四个方面，结论是，建设工程具有其他一般合同所不具有的特殊性，周期长、高度复杂，不是所有因素都能在合同签订时被预期，情事变更原则可以在此适用。黑白合同的结算在原则上应遵守法律的规定，特殊情况特殊对待。第五，探讨优先受偿权的主体、范围、行使期限和行使方式，因为优先受偿权的问题点多面广，法律规定不完备，要具体情况具体分析，平衡好各方利益。最后、讨论违约责任处理的问题。违约金应以实际损失为基础，综合考虑案件实际情况，结合合同的履行情况、分析当事人的过错程度予以调整。而利息与违约金性质不同，可以同时主张。　　文章第三部分对建设工程施工合同纠纷处理机制的完善措施进行探索，并提出以下几个建议：制订与修改法律规范、监督招投标程序、监管建设过程、规范第三方评估、统一法律解释与适用。　　文章第四部分是结语，全面总结了建设工程施工合同纠纷案件的审理难度，得出了必须完善立法、加强监管、统一法律理解与适用才能从源头上解决纠纷的结论。