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m6A是mRNA和lncRNA上一种广泛存在的修饰,它从酵母到人等多个物种中都保守存在且其共有基序为RRm6ACH(R=G or A,H=A,C or U)[1-3]。m6A通过其核心甲基化转移酶复合物METTL3-METTL14共转录产生[4-6],并且被去甲基化酶FTO/ALKBH5去除[2,7]。m6A可以被含有YTH结构域的家族蛋白所识别从而调控多种转录后过程。m6A的失调会导致多个关键的生物学过程失衡[8]。越来越多的证据证明了转录这个过程能够调控染色质的动态变化[9,10]。但共转录产生的m6A对染色质的直接调节作用仍然未知。表观基因组的动态变化对于基因在发育和健康生理过程中的正确表达至关重要[11-15]。其中转录是这个过程的核心[10,16-20]。转录整合了染色质结构和修饰变化带来的细胞信号,转录复合物以及mRNA修饰,如共转录发生的m6A修饰。然而动态表观基因组有机整合这几方面信息的作用和机制尚未阐明,基于此,我们对组蛋白修饰与共转录的RNA m6A修饰进行了研究。首先,我们建立了一个筛选组蛋白修饰的报告系统,发现当转录本上发生了m6A修饰时,对应的染色质上抑制型组蛋白修饰标志物H3K9me2会被特异地去除。而其他的组蛋白修饰则变化不大。接着,我们构建了 m6A甲基化转移酶复合物METTL3、METTL14的突变和敲低细胞系,发现H3K9me2水平整体升高,表明METTL3/METTL14可以调控组蛋白修饰H3K9me2。为进一步阐明是甲基转移酶还是m6A介导的H3K9me2改变,我们建立了 METTL3酶活突变体细胞系,发现H3K9me2同样发生了整体的升高,提示m6A可以调控组蛋白修饰H3K9me2。继而,我们通过MeRIP-seq和ChIP-seq等实验发现m6A、METTL3和H3K9me2的去甲基化酶KDM3B在全基因组尺度上有很强的相关性。再进一步通过Co-IP、ChIP-seq和dPspCas13b招募实验确认了 m6A的识别蛋白YTHDC1和KDM3B有相互作用,且YTHDC1可以招募KDM3B到m6A相关的区域,从而促进对应位置上H3K9me2去甲基化和基因的表达。最后,我们通过RNA-seq和Pol Ⅱ ChIP-seq,发现m6A能够促进H3K9me2调控的基因的表达。总之,本研究首次确立了 RNAm6A修饰与动态组蛋白修饰之间的直接关系,并且提供了对RNA修饰和组蛋白修饰之间的共转录相互作用的机制性见解,从而将RNA m6A修饰、组蛋白修饰和转录调控有机整合起来,对RNA表观修饰领域有重要的推动作用。