自从有了人类社会就有了组织,人类的生存和发展都是以组织为基础的。新经济时代的到来,中国当前正处于社会过渡转型时期,思想多样,价值多元,社会关系的网络化和环境复杂化导致公共组织自组织演化的环境的复杂性加剧,公共组织是一个具有多层次、多功能的结构,组织系统的宏观变化是微观子系统或构成要素非线性相互作用所导致的结果,即宏观变化是微观变量非线性相互作用突现的结果。本文立足于公共组织自组织演化过程中表现出来的复杂性,将博弈论思想与复杂性科学理论思想共同用于公共组织系统运行机制复杂性分析上,分析了公共组织系统的复杂适应性特征,概述了公共组织系统自组织演化的竞争与协同的动力源观与随机涨落的动力源观。构建了公共组织系统内部要素的竞争协同作用模型,分析了公共组织系统内部要素协同竞争作用与自组织演化的原因,指出了公共组织系统竞争协同作用的根源,对利益的博弈,提出了基于博弈智能主体参与的主观博弈方法。最后基于复杂适应系统的视角,分析了复杂适应组织的适应机制：适应性主体的学习能力和适应性行为能够涌现为组织学习和整体的适应能力,提高系统的自组织演化能力。