随着电子商务在企业中的普及，越来越多的企业开始架构和应用电子商务系统，电子商务系统也不仅是一个简单的计算机系统。目前，有很多专家和企业组织都对电子商务系统绩效评价做出了理论上的探索和实践上的尝试，但是对于电子商务系统的理论，特别是电子商务系统绩效评价的理论体系还很不完善，没有系统的概念界定和理论框架。同时由于电子商务系统具有复杂性和综合性特征，影响因素很多，指标的选取难以保证科学性，而且有些因素还具有模糊性和不确定性特征，难以用准确的数字指标来量化，因此，电子商务系统绩效评价的研究具有非常重要的现实意义。本文介绍了电子商务系统及其构建研究的状况，指出企业管理者是电子商务系统绩效评价的主体。在企业电子商务系统绩效评价过程中，找出了可能存在的问题，并针对这些问题给出了解决方法。论文综述了电子商务系统绩效评价研究状况，概述了电子商务系统及电子商务系统绩效的相关理论和方法，介绍了电子商务系统绩效评价过程。对常用的理论模型和方法进行比较分析，并利用层次分析法的思想，在CSF模型基础上，依据企业特征和评价理论，建立了电子商务系统绩效评价指标体系构建模型，并引入模糊数学和信息熵的方法，对初始指标进行筛选，计算电子商务系统绩效评价的指标集合元素。此外，针对系统评价指标筛选后，出现的指标权重的不确定问题，又引入证据推理的方法，设计出基于证据推理的反馈式调整权重的算法，并将该方法与神经网络算法计算结果分析比较，验证了在不确定性情况下的电子商务系统绩效评价是可行和有效的，解决了电子商务系统绩效评价中的不确定性问题。