非营利组织在解决因政府失灵与市场失灵所产生的一系列问题上所发挥的独特功能已被世人所津津乐道。其在因政府失灵和市场失灵所引起的问题上发挥的功能是政府或者市场所不能代替的。正是由于这个原因,各个国家无不对非营利组织进行大力扶持,在一系列的扶持手段中,对非营利组织实施税收优惠是其中较为重要的一种。建国以来特别是改革开放以来,我国制定了大量的关于非营利组织税收优惠的规范性文件。但是由于税收优惠政策本身具有较强的灵活性特征,再加上非营利组织税收优惠基本法律的缺位,我国的非营利组织税收优惠法律制度并没有完全建立健全,使得非营利组织没有能够充分享受税收优惠利益,不利于非营利组织的进一步发展。当下,学界与实务界对非营利组织税收优惠法律制度的研究不多。仅有的研究成果也大多集中于从经济学、社会学等学科角度进行研究,并没有对非营利组织税收优惠法律制度进行体系化的研究。因此,本文从非营利组织税收优惠法律制度的一般性问题入手,首先明确了非营利组织、税收优惠、税收优惠法律制度的内涵与特征,对非营利组织、税收优惠、税收优惠法律制度做出了界定,并对非营利组织实施税收优惠的意义进行了阐述;其次在界定相关概念的基础上,对我国的非营利组织税收优惠规范性文件进行了实证分析,提出了我国非营利组织税收优惠法律制度所存在的问题,认为我国非营利组织税收优惠法律制度的主要缺陷在于税收优惠配置制度不合理、税收优惠实现机制不顺畅以及税收优惠权利救济机制不合理等三个方面。税收优惠配置制度不合理主要表现在非营利组织税收优惠配置主体位阶低和非营利组织之间享有的税收优惠不平衡两个方面;税收优惠实现机制不顺畅主要表现在非营利组织缺乏权利诉求表达渠道和税收优惠报批程序限制了非营利组织税收优惠的实现等两个方面;税收优惠权利救济机制不合理主要表现在税务行政复议程序存在缺陷和税务行政诉讼程序存在缺陷等两个方面。最后在综合国情与他国先进做法的基础上,提出了完善非营利组织税收优惠配置主体、实现非营利组织之间享有税收优惠的平衡、完善非营利组织税收优惠权利诉求表达机制、建立以税收优惠备案制为主的税收优惠实现机制、完善非营利组织税务行政复议程序以及完善非营利组织税务行政诉讼程序等方面的建议。