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中国是海水养殖大国，目前的高密度和集约化养殖方式造成养殖水体“老化”，不仅养殖水体的生态环境遭到破坏，还给沿海海域带来严重的环境污染和富营养化现象。硫酸盐还原菌（sulfate-reducing bacteria）具有在厌氧条件下将硫酸盐或者氧化态的硫化物还原成H2S的能力，海水养殖区沉积物和底层水由于处于厌氧或缺氧环境条件，有利于SRB大量繁殖产生大量的有毒气体H2S，破坏水质并且毒害养殖生物，使养殖环境进入恶性循环状态。为了深入认识胶州湾养殖区生态环境现状及H2S污染物的潜在毒性，对沉积物环境进行了现场调查分析，对微生物群落的空间分布、多样性、系统发育和丰度进行了全面剖析。本研究选择养殖区和非养殖区共四个站位，采用文献提出的以氮、磷营养盐作为评价参数的富营养化评价模式，可知A站位属于磷中等限制潜在性富营养化，B站位属于富营养，C和D站位属于贫营养。对于海水中的硫酸盐还原菌、硫氧化菌和异养菌，养殖区内的两个站位A和B的数量明显比对照海域的D站位的数量要多，C站位作为过渡区域，其细菌数量也介于两者之间；沉积物中的硫酸盐还原菌、硫氧化菌，次表层多于表层，异养菌在表层和次表层的数量基本相同。应用Biolog对微生物群落功能研究表明，四个站位微生物对碳源的利用差异不大，均随着时间逐渐增加。对四个站位微生物群落DGGE图谱的聚类分析表明，A和D站位群落关系相近聚为一类，B和C站位则聚为一类，其中特异条带属于三个菌门，分别是变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)，其中变形菌门（Proteobacteria）占了全序列的70%左右。研究结果对于揭示海水养殖环境生态特征、沉积物及水界面的微生物的群落结构、硫酸盐还原过程等具有重要意义，也为海水养殖环境中硫化物污染的防治和治理提供理论基础和数据支撑。