血流感染常见病原体的快速分子检测方法研究

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血流感染(BSIs)是一种严重的全身感染性疾病,近几年来,血流感染的发病率和死亡率居高不下。快速准确地鉴定血流感染病原体对于及时开展适当的经验性治疗至关重要。但是耗时长的血培养方法仍然是血流感染病原体诊断的金标准,导致临床治疗常常错过最佳的干预窗口期。而分子生物学技术可为病原体鉴定提供一个更加快速的诊断方法。第一章,主要阐述血流感染的背景及其微生物病原学和病原体的耐药情况。分析比较了几种常见的血流感染病原体鉴定方法。并提出了本论文的研究目标、研究内容和研究方法。第二章,我们建立了基于熔解阵列法的BSIs病原体分子检测新方法,该方法是一个实时、高通量、快速、全封闭的分子检测方法,适用于血培养物的快速诊断。该方法可在3小时内实现对21种临床常见的血流感染病原体的同步检测。体系的最低检测限为5-50拷贝/反应,并且具有良好的特异性、精密性及多种病原体混合感染识别能力。我们用385份临床血培养标本对该体系进行临床评价,将本体系检测结果与MALDI-TOF MS鉴定结果进行比较分析,以Sanger测序技术为第三方验证。结果表明,本体系检测结果与MALDI-TOF MS检测结果的总体一致率为89.1%(Kappa=0.603,P<0.001),若扣除本体系未覆盖的对象,则总体一致率为95.3%(Kappa=0.804,P<0.001);并且各检测对象一致率均大于98%(Kappa值在0.797-1之间,P值均小于0.001),特异性(98.6-100%)和灵敏度(88.9-100%)均良好,说明本研究所建立的BSIs病原体分子检测体系与MALDI-TOF MS具有较好的一致性。不一致标本经过测序验证,均表明本体系检测结果正确,因此本体系检测准确率达到100%。本体系具有简便、快速、准确性高、灵敏度高、结果自动判读等优点,可应用于临床上血培养物的快速检测。第三章,我们在所建立的多重BSIs病原体分子检测体系的基础上,进行核酸预富集方法的研究,以期进一步提高反应体系灵敏度,使其满足血液标本直接检测的要求。我们将HAND系统引入到多重PCR技术中,建立核酸预富集体系,结合熔解阵列检测体系,实现对21种病原体的高灵敏度鉴定。通过核酸预富集反应,我们将熔解阵列体系的分析灵敏度提高到5拷贝/反应。我们进一步考察体系对人基因组的耐受性,发现所建立的体系对人基因组DNA有较好的耐受性。此外,我们将不同浓度的细菌掺入到健康人血液中来考察体系对血液标本的分析灵敏度,其检测灵敏度可达20 CFU/mL。最后,我们用所建立的方法对27份血液标本进行检测,体系检出4份阳性标本,比血培养多检出两份阳性。不一致的两份标本用TaqMan单重体系验证,单重体系检测结果与本体系检测结果完全一致,说明本体系检测结果正确,也说明本体系具有比血培养更高的临床灵敏度。
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