棉花立枯病和红腐病是新疆不同生态区普遍发生且为害严重的两种棉花根腐类病害，病害发生受到多种因素影响。探究棉花立枯病和红腐病发生影响因素，对病害进行成灾风险分析，对于高效控制苗期根腐类病害的发生和有效提高综合防治效益具有重要意义。本研究以这两种病害为研究目标，建立基于这两种病害病原菌的快速双重PCR检测方法；通过田间试验设计来分析覆膜栽培、种子处理、不同基肥水平对棉花立枯病和红腐病的发生、根际土壤微生物及棉苗生长和棉花产量的影响；基于以上研究成果、课题组研究成果以及中英文文献资料，进行棉花立枯病和红腐病在新疆的风险评估。主要结果如下：
　　1.建立了可以同时检测立枯丝核菌和拟轮枝镰孢霉的双重PCR检测方法。用立枯丝核菌特异性引物(Rhsp1/ITS4B)和拟轮枝镰孢霉特异性引物(VER1/VER2)，经过各反应液组分浓度和退火温度优化后建立双重PCR反应体系和程序，验证引物的特异性以及灵敏度检测。结果表明：该双重PCR检测方法特异性较强，灵敏度较高，操作简单，对立枯丝核菌和拟轮枝镰孢霉最低检测灵敏度分别达到4pg/μL、40pg/μL。
　　2.覆膜栽培较不覆膜栽培棉花苗期立枯病和红腐病的发病株率和病情指数、2种病原菌的检出株率和棉田根际土壤带菌率相对较高，但棉花出苗率、根际土壤微生物数量、棉花产量、单铃重和衣分有所增加。种子处理和有机肥有利于棉花出苗、抑制棉花苗期立枯病和红腐病的发生、降低2种病原菌的检出株率和棉田根际土壤带菌率、增加了根际土壤微生物数量、棉花产量、单株铃数；有机肥增加了单铃重和衣分，而种子处理使单铃重有所降低，对衣分影响不大。不同基肥水平对棉花出苗、棉花苗期立枯病和红腐病的发生、病害发病株率、2种病原菌的检出株率、棉田根际土壤带菌率、根际土壤微生物数量以及棉苗株高、鲜重、干重及干物质比有一定影响，但影响幅度不大；各处理产量与基肥施用量呈正相关，但衣分随施肥量增加有所降低；各处理皮棉产量无显著性差异，以基肥施肥量30kg/667m2处理的综合指标及经济性较好。
　　3.对两种棉花根腐类病害进行了成灾风险分析评估，明确了在新疆棉花立枯病属于中度风险有害生物(平均R值为1.78)，棉花红腐病属低度风险有害生物(平均R值为1.39)。