合理的内部控制制度和科学的董事会治理结构是企业在市场竞争中生存和发展的关键。董事会是企业内部控制的首要环境要素，对本企业内部控制的建立、健全和有效实施负责,良好的内部控制又有利于提高上市公司董事会治理的效率。从美国的安然公司破产、世通公司财务丑闻到我国的中信泰富巨亏、五粮液关联交易等事件，均凸显出企业内部控制的无力、失效以及缺乏有效的董事会治理。这些问题迫切要求完善上市公司董事会治理，强化上市公司的内部控制。国际上以COSO理论的三大目标、五大要素构造了现代企业内部控制系统框架，是当前国际内部控制理论界最权威的研究成果。2008年我国颁布了《企业内部控制基本规范》等文件，使我国企业内部控制步入了法制化轨道，但现实中企业内部控制失效现象却非常严重。因此，开展对董事会治理与内部控制的研究，无论从理论上还是在实践中都有着重要的意义。本文在理论分析和文献综述的基础上，以2005-2009年沪市A股上市公司为样本，运用回归分析法，对内部控制有效性进行分析，考察了董事会治理因素对内部控制有效性的影响；同时对内蒙古上市公司内部控制有效性进行了对比性的研究与分析。全文共分为四个部分。第一部分是绪论，主要包括研究背景、研究目的和意义、研究方法和内容以及研究框架。第二部分是理论分析和文献综述部分，以委托代理理论、利益相关者理论和契约理论为依据，对董事会治理与内部控制的关系进行分析，并在此基础上对国内外相关文献进行了回顾和评价。第三部分是沪市上市公司实证研究部分，运用实证研究的方法，对206家上市公司董事会治理对内部控制有效性的影响进行了研究。第四部分是内蒙古上市公司实证研究部分，运用实证研究的方法，研究了内蒙古17家上市公司董事会治理对内部控制有效性的影响。最后，通过实证研究得出结论：董事会规模与内部控制有效性显著负相关，建立适当的董事会规模，以不超过11人为宜；独立董事比例与内部控制有效性负相关但不显著，加强独立董事在董事会中的影响力，对不作为的独立董事可采取声誉处罚等措施；董事持股比例与内部控制有效性负相关，应该完善董事激励机制；独立董事背景与内部控制有效性显著正相关，应该关注独立董事的背景。