金融业作为重要的支柱性产业,对提高地区科技水平和促进经济增长具有重要作用。金融供给侧改革的重中之重是结构性改革,即以改善金融供给结构为中心,注重调节我国金融业的市场结构、经营理念、服务水平与经济发展相适应。长三角城市群和粤港澳大湾区作为我国区域经济的领头羊,其金融产业与科技创新之间的关系紧密相连。金融资源在诸多因素的推动下在城市内集聚,带动人才、知识流动和企业家创新创业,进而提升城市科技创新能力。因此,研究金融集聚对城市科技创新效率的影响是具有现实意义的。本文采用理论分析与实证分析相结合的方法研究长三角城市群和粤港澳大湾区金融集聚对城市科技创新效率的影响,从两大城市群金融结构差异的角度,研究两大城市群金融集聚影响科技创新效率的差异,为城市群内金融资源结构优化,实现金融资源有效配置提供理论依据和政策参考。首先,文章对两大城市群的金融集聚度、金融结构以及科技创新活动进行现状分析。从不同角度,总结了金融集聚和金融结构影响城市科技创新效率的作用机理,发现金融结构在金融集聚影响城市科技创新效率的过程中具有调节作用。其次,利用DEA非参数技术,构建投入产出指标对长三角城市群和粤港澳大湾区共27个城市的科技创新效率进行两阶段测算,包括科技产出效率和科技成果转化效率。利用区位熵指数对两大城市群金融集聚程度进行测算,并从两个层次探究两大城市群内部金融结构差异:其一是融资结构,即直接融资占比;其二是银行业集中度。测算结果显示长三角城市群金融集聚程度高于粤港澳大湾区,但其科技创新效率却低于粤港澳大湾区,并且两大城市群的融资结构以及银行业集中度具有显著差异。最后,运用Tobit模型对金融结构在金融集聚影响城市科技创新效率过程中的调节作用进行实证研究。研究结果发现:(1)作为我国经济发展水平高,各类资源较为丰富的两大城市群,金融集聚对于城市科技创新效率具有促进作用。在企业创新活动过程中,金融资源集聚不仅为企业创新提供了丰富的资金支持,还为创新成果转化培育支持条件。(2)经两大城市群数据检验得出,科技成果产业化效率低于科技创新产出效率。这表明,科技成果在产业化的过程中还具备提升空间。根据DEA技术效率分解的结果来看,制约我国科技创新效率的原因为纯技术效率,纯技术效率的改进有利于提高两大城市群内部城市科技创新效率。(3)本文验证了金融结构对于金融集聚影响城市科技创新效率的调节作用。城市科技创新效率的提升,不仅要注重城市金融资源规模的扩大,还要注重对金融资源配置结构的优化,使丰富的金融资源通过良好的金融市场结构与地区科技创新需求相适应。