36份火棘属植物材料的遗传多样性分析

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火棘属(Pyracantha Roem.)为蔷薇科苹果亚科常绿灌木或小乔木,我国火棘属植物野生资源极为丰富。它集食用、药用、观赏于一身,生长快,适应性强,极具开发价值。、火棘属种质资源的遗传多样性研究是开发利用火棘属植物资源中一个不可或缺的重要环节。本研究利用RAPD和ISSR两种分子标记方法,对4个种源地36份火棘属植物材料进行遗传多样性研究,分析这些种质资源之间的亲缘关系,旨在为开发利用火棘属植物资源、种类鉴定、优良资源筛选和新品种选育等工作提供一定的理论依据。本文研究结果如下:1.建立了适用于火棘属植物基因组DNA提取的方法:使用嫩叶作为试验材料,采用改良CTAB法,即在液氮研磨过程中加入PVP和Vc粉末,以防止酚类物质氧化;裂解细胞核前加入STE溶液,采用低速离心收集沉淀,可有效将细胞核与多糖、多酚类次生物质分开;酚氯仿抽提液中也添加了PVP和β-巯基乙醇,最终获得了高质量的火棘属植物基因组DNA。2.采用正交试验设计方法建立并优化了火棘属植物RAPD-PCR和ISSR-PCR反应体系。RAPD扩增条件为25μL的反应体系,含有10×PCR buffer 2.5μL, Mg2+ 2.0 mmol·L-1,引物0.4μmol·L-1, dNTPs 0.25 mmol·L-1, Taq酶1.2 U,模板DNA 60 ng。PCR扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,38℃退火1min,72℃延伸1min,循环40次,72℃继续延伸5min,4℃保存。ISSR扩增条件为25μL的反应体系,含有10×PCR buffer 2.5μL, Mg2+ 1.0 mmol·L-1,引物0.1μmol·L-1, dNTPs 0.15 mmol·L-1, Taq酶1.2 U,模板DNA 80 ng。PCR扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,51.0℃59.2℃退火(退火温度随引物不同而定)1min,72℃延伸1min,循环40次,72℃继续延伸5min,4℃保存。3.获得了36份火棘属植物材料的RAPD和ISSR标记的特异性扩增带:从50条RAPD引物中筛选出15条引物对36份火棘属植物材料基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出199条清晰的谱带,DNA片段大小分布在100bp-2000bp之间,其中185条显示多态性,不同引物扩增的多态性也存在较大的差异,扩增的多态性条带数为6至21条不等,平均每个引物扩增出12.3条多态性谱带。从50条ISSR引物中筛选出11条引物分别对36份火棘属植物材料基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出205条清晰的谱带,DNA片段大小分布在100bp-2000bp之间,其中201条显示多态性,不同引物扩增的多态性也存在较大的差异,扩增的多态性条带数为11至27条不等,平均每个引物扩增出18.3条多态性谱带。4.获得了36份火棘属植物材料基于RAPD和ISSR标记的聚类结果:利用15条RAPD引物产生的199条DNA片段计算了供试材料间的遗传距离(GD)并利用UPGMA构建聚类树状图,可将36份火棘属种质分为五个大类;利用11个ISSR引物产生的205条DNA片段计算了供试材料间的遗传距离(GD)并利用UPGMA构建聚类树状图,可将36份火棘属种质分为六类。由供试材料的RAPD和ISSR两种试验方法的数据混合后的相似系数聚类分析所绘出的树状聚类图,可将36份火棘属种质划分为六大类。5.获得了火棘属植物的遗传多样性分析结果:36份火棘属种质资源的PPB为97.52%,Nei’s基因多样性H=0.2255,Shannon多态性信息指数I=0.3600。火棘(P.fortunaeana)的总遗传变异中有72.88%的变异发生在居群内,27.12%的变异发生在居群间。四川雅安雨城居群和四川雅安汉源居群的遗传一致度最高,遗传距离最小;四川凉山居群和四川雅安雨城居群的遗传一致度最低,遗传距离最大。各居群火棘的遗传多样性有较大差异,贵州施秉县居群火棘的遗传多样性水平最高,四川雅安汉源居群火棘的遗传多样性水平最低,四川雅安雨城居群和四川凉山居群火棘的遗传多样性水平较高。
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