肝癌易感基因PFK-2/FBPase-2序列分析及GNMT多态性研究

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目的:肝癌HepG2细胞中PFK-2/FBPase-2酶基因的克隆及序列分析,为进一步研究肝癌细胞糖代谢奠定基础。方法:培养肝癌HepG2细胞,取生长对数期的细胞采用异硫氰酸胍法提取总RNA,通过RT-PCR从总RNA中获得PFK-2/FBPase-2基因的cDNA序列,将该片段插入克隆质粒pMD19-T,得到重组质粒pMD19-T-pfk。通过酶切和测序鉴定,并将其序列与GenBank报道的该基因序列进行比对。结果:①扩增出PFK-2/FBPase-2基因片段序列长1150bp,开放读码框架共编码377个氨基酸残基;②核酸序列与人(AY714243,BC096078),大鼠(Y00702,X58865),小鼠(AY756065,AY756067)的同源性分别为90%、88%、80%、76%、63%和50%,根据核酸序列推测得到的氨基酸序列比对结果分别为91%、90%、83%、81%、69%和60%。结论:扩增了肝癌HepG2细胞PFK-2/FBPase-2酶基因的部分cDNA序列1150bp,且推测的氨基酸序列对比分析与同源关系相近的物种比对有较高的匹配率。在GenBank中尚未查询到肝癌HepG2细胞中PFK-2/FBPase-2酶基因序列。目的:通过对广西壮汉人群甘氨酸-N-甲基转移酶(GNMT)基因的启动子活性区1,2;5-UTR;内含子1进行序列分析,探讨其基因多态性与原发性肝癌遗传易感性之间的关系。方法:采用病例-对照研究方法,应用PCR,PCR-SSCP,及PCR产物直接测序技术对80例原发性肝癌者,122例健康对照者的GNMT基因进行序列分析和选择性测序。数据分析采用spssl3.0for windows统计软件包进行统计处理。结果:(1)肝癌患者的GNMT基因启动子活性区71~86bp处有n个GA重复序列(其中n=10,16,17,18,20),其中对照组和病例组均以拷贝数10,16,20多见,基因拷贝数在两组中的分布总体上无差别(P>0.05)。(2)GNMT基因启动子活性区363~364bp处插入GAGT四个碱基,其中病例组80例中有5例发生突变,对照组122例中4例发生了突变,突变率分别为6.2%和3.3%,差别无统计学意义(x~2=1.002,P=0.317)。(3)GNMT基因5-UTR区1289bp处发生C→T突变,其中病例组80例中有29例发生突变,对照组122例中21例发生了突变,突变率分别为36.2%和17.2%,病例组高于对照组,差别有统计学意义(x~2=9.402,P=0.002)。(4)GNMT基因内含子1经SSCP分析,在病例组和对照组中均未发现突变。(5)联合GNMT基因启动子活性区363~364bp分析发现,在80例病例组的肝癌病人中两处同时发生突变的有7例,而对照组中没有类似情况,统计分析显示两组间的差别有统计学意义(确切概率法得P=0.0001)。(6)比较病例组和对照组中壮汉两族间的突变情况发现GNMT基因启动子活性区363~364bp的所有突变样本中壮族为4例,而汉族为5例;GNMT基因5-UTR有突变的则是壮族31例,汉族为29例。两组间的差别均无统计学意义(P=0.518,P=0.606)。结论:(1)GNMT基因启动子活性区GA重复序列长度多态与肝癌危险性可能无关。(2)基因启动子活性区GAGT的插入与肝癌危险性可能无关。(3)GNMT基因5-UTR SNP可能与肝癌危险性密切相关。(4)GNMT基因内含子1碱基组成稳定不易发生突变。(5)GNMT基因启动子活性区363~364bp,5-UTR突变同时存在会增加个体患肝癌危险性。(6)GNMT基因启动子活性区363~364bp,5-UTR突变在壮汉人群间无明显差异。
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