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蛋白质组学已成为生命科学研究的前沿。复杂蛋白质组样品的分析是蛋白质组学研究的重要内容,特别需要高通量、高灵敏度、快速和集成度高的分离鉴定技术。自由流电泳具有连续和并行分离的特点,其微型化特别适合少量蛋白样品的高效快速预处理。如何利用微流控技术实现自由流电泳的微型化并提高其性能日益受到关注。本文特别针对蛋白的芯片自由流电泳等电聚焦方法进行了研究。第一章对自由流电泳(FFE)及其应用进行了综述,重点介绍了FFE芯片结构及自由流等电聚焦(FFIEF),对近年来FFE芯片结构的改进及存在的问题进行了分析,提出了可能的改进方法;介绍了固定pH梯度等电聚焦技术,针对在自由溶液中进行等电聚焦时因两性电解质的使用而带来的一系列问题,提出了在FFE芯片中建立固定pH梯度的设想。第二章在原有工作的基础上对自由流电泳芯片的制备方法进行了改进,利用光定位聚合的方法在芯片的分离腔与电极池之间原位聚合了聚丙烯酰胺凝胶;利用PMMA易于加工的特性,将进样管、收集池、开口式电极池集成到PMMA盖片上,再与玻璃底片直接粘接,制作成了复合芯片。以荧光染料及酸碱指示剂为探针,对上述芯片在等速电泳(ITP)和等电聚焦(IEF)模式下的应用进行了研究,并用荧光成像法及指示剂变色法对IEF模式下建立的pH梯度进行了表征。第三章在IEF模式下采用动态涂覆及添加筛分介质的方法,有效的抑制了芯片内壁对蛋白的吸附,成功的实现了大豆胰蛋白酶抑制剂(pI4.6)及鸡蛋清溶菌酶(pI11)这两种蛋白的分离与聚焦,并且采用毛细管区带电泳对芯片自由流等电聚焦分离的结果进行了表征。第四章利用在芯片FFE分离通道中原位聚合具有通透性的整体材料、再利用两性电解质等电聚焦并将其化学键合在整体材料中的方法探讨了在FFE芯片中建立固定pH梯度的方法,初步结果表明该方法具有可行性。