终极控制权是导致我国证券市场很多不规范行为的重要原因所在。由于终极控制权具有隐蔽性和复杂性,为其关联交易、内幕交易、利润转移、掏空上市公司资产等不规范运作提供了许多的便利;另外,通过终极控股方式还可以使控制权和现金流量权产生偏离,使其可以用较小的股份来达到实际控制公司的目的,从而获得同股不同权,小股有大权的效应。近年来的研究发现在一些国家和地区的上市公司中普遍存在着终极控制性股东,通过金字塔持股、交叉持股等所有权结构强化控制性股东的控制权,使其控制权和现金流量权发生偏离。本文在终极控制权层面对控制权效应进行研究,所研究问题是上市公司当前亟待解决的问题。对于分析和制约终极控制股东各种各样的违法违规行为,切实保护中小投资者的权益,完善公司治理机制,促使上市公司注重长远发展和正常运作,具有重要的学术价值与现实意义。本文选取2005-2007三年间354家制造业上市公司为样本,并根据终极控制股东类型不同,将样本区分为国有控制上市公司和民营控制上市公司,对在存在终极控制人的情况下,其终极控制权和现金流量权的偏离如何影响公司绩效、终极控制人的终极所有权即现金流量权与企业绩效有什么样的关系,以及由此揭示出的终极控制股东对中小股东的利益侵占情况分别进行了实证研究,并进行了比较。研究结果表明,我国制造业上市公司终极控制股东的终极控制权和现金流量权的偏离度与公司绩效显著负相关,两权偏离程度越大,上市公司绩效越差;现金流量权和上市公司绩效呈现显著正相关关系,现金流量权越高,公司绩效越好;在分样本研究中发现,相对于国有控股上市公司,民营控股上市公司具有更高的两权偏离度,并且其两权偏离程度对公司绩效的影响也相对较大。在实证研究的基础上,本文针对研究结果对上市公司监管和中小股东保护等方面提出了相应的对策建议。