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四角蛤蜊(Mactra veneriformis)属于软体动物门(Mollusca)瓣鳃纲(Lamellibranchia)真瓣鳃目(Eulamellibranchia)异齿亚目(Heterodnta)蛤蜊科(Mactridae),是一种广泛分布于我国沿海(以辽宁、山东为最多)的经济贝类。本文采用28S rRNA基因和ITS1基因两种分子标记方法对丹东、庄河、皮口、盘锦、锦州、天津、烟台、连云港、宁波九个地理群体四角蛤蜊的遗传多样性、种群遗传结构进行了研究。结果表明:在所测得的九个地理群体四角蛤蜊28S rRNA基因部分序列(1200bp)中, A、T、G、C的平均含量分别为:21.5%、20.0%、27.3%、31.2%。得到96个变异位点,多态位点(S)为79个,核苷酸多样度(Pi)为0.020084。28S rRNA基因在各地理亚群的遗传距离系数在0.002-0.056之间。其中,宁波(NB)和烟台(YT)间遗传距离系数最大,为0.056,皮口(PK)和庄河(ZH)间遗传距离系数最小,为0.002。在所测得的九个地理群体四角蛤蜊ITS1序列(480bp)中, A、T、G、C的平均含量分别为:22.5%、19.2%、27.6%、30.8%。得到186个变异位点,多态位点(S)为92个,核苷酸多样度(Pi)为0.151156。ITS1基因在各地理位点的遗传距离系数在0.006-0.056之间。其中,宁波(NB)和烟台(YT)间遗传距离系数最大,为0.382,与28S结果相吻合,皮口(PK)和盘锦(PJ)间遗传距离系数最小,为0.006。九个地理群体显示出了较大的遗传相似性,这是由于群体之间存在基因流而造成的。基因流水平的高低、遗传相似性的程度与亚群之间的地理距离有关。28S rRNA基因和ITS1得到的聚类分析图基本相似但不完全相同。28S rRNA基因系统图可以揭示的是辽宁省内的五个群体(丹东、庄河、皮口、盘锦、锦州)亲缘关系近,聚为一支;天津,烟台、连云港三个地理群体聚为一支;宁波一支。而在ITS1的系统树中,宁波与连云港聚为一支。研究结果表明,四角蛤蜊可分为三个地理亚群:辽宁亚群(辽宁省内五个地理群体)、烟台亚群(天津、烟台、连云港)和宁波亚群,其中辽宁亚群与烟台亚群的亲缘关系较近。宁波亚群与其它亚群较远的主要原因是地理隔离,而辽宁亚群的五个地理群体遗传相似性较大,除了地理位置近,地理隔离不显著的原因之外,还应该是由人类在从事农业生产活动时,人为将四角蛤蜊幼仔的转移、养殖等因素有关。