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吉尔吉斯斯坦国土辽阔,当地畜牧业及农业发达,自然发酵乳制品是吉尔吉斯斯坦居民饮食结构中最为重要的组成部分。自然发酵乳制品中蕴含着丰富的乳酸菌资源,被公认为是可食用的安全菌株,但研究者目前对该地区自然发酵乳制品的细菌组成尤其是乳酸菌的组成研究很少而且不够深入。因此,研究吉尔吉斯斯坦自然发酵乳制品中的细菌多样性对于了解该地区自然发酵乳制品中的细菌组成具有重要意义。本研究以29份采集自吉尔吉斯斯坦的自然发酵乳制品(14份酸牛奶样品、10份酸马奶样品、5份干酪样品)为研究对象,通过纯培养方法分离了其中的乳酸菌菌株,同时通过PacBio SMRT测序方法不同自然发酵乳制品中的细菌16S rRNA基因序列进行测序,分析了不同类型的自然发酵乳制品中的细菌菌群结构与优势菌种。本论文主要结果如下:1.29份自然发酵乳制品的乳酸菌总数范围为6.80×105 CFU/mL～3.04×109 CFU/mL,其中酸牛奶样品的乳酸菌总数为3.85×107 CFU/mL～3.00×109 CFU/mL,酸马奶样品的乳酸菌总数为6.80×105 CFU/mL～3.04×109 CFU/mL,干酪样品的乳酸菌总数为1.19×109 CFU/mL。2.应用纯培养方法从29份自然发酵乳制品中分离得到209株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列同源性比对及系统发育关系进行分析,表明这209株乳酸菌属于3个属,11个种。其中,乳酸乳球菌分离自酸牛奶样品,哈尔滨乳杆菌和肠膜明串珠菌分离自酸马奶样品,干酪样品中的分离株为德氏乳杆菌。3.通过PacBio SMRT测序方法检测到29份自然发酵乳制品中的细菌隶属4个门、24个属、48个种。酸牛奶样品的优势菌种为德氏乳杆菌,酸马奶样品的优势菌种为瑞士乳杆菌,干酪样品的优势菌种为德氏乳杆菌,其相对含量为45.28%、53.90%及58.17%。结果表明不同类型的自然发酵乳制品蕴含的细菌丰度与种类不同。传统纯培养方法与PacBio SMRT测序方法结合全面展示了吉尔吉斯斯坦自然发酵乳制品的细菌多样性,为自然发酵乳制品中乳酸菌开发及多样性研究提供了参考。