随着科技创新的力度加大和科技创新的投入不断加强，公共财政对大型科研机构的科研开发的经费投入不断增加，财务管理在科研管理中的重要性和关键性地位越来越凸现。必须建立一套规范并且创新的财务管理机制，使财务管理和科研管理有机结合，确保科研经费能够集中应用于科技创新并且能够发挥最大效益。国家对科研机构的投入，要保障基本的科研环境、基本的科技条件、基本的科技人员的待遇等达到相应的水平，更为重要的是财务管理要达到促进科研机构科技创新的目的。　　区域创新体系的建设能促进区域创新、推动区域经济发展已经成为各界人士的共识。在我国，每个省市区域基本都设立大型地方科研机构，目前其自身科技创新能力普遍难以满足区域创新体系的要求，亟待提高自身自主创新能力并成为区域创新体系中的生力军和突击队。在区域创新体系建设进程中，大型地方科研机构科技创新能力的提升十分重要，如何持续提高科研机构科技创新能力从而带动区域创新体系建设具有重大现实意义。　　论文通过对科研机构财务管理与创新能力理论的阐述，借鉴国外同类科研机构先进的财务管理经验，对我国大型科研机构的财务管理现状进行剖析，指出大型科研机构财务管理的不足之处及其产生的原因，根据大型科研机构的实际情况，提出基于创新能力提升的财务绩效管理的内容体系，财政对科研方向与重点领域中的科技创新工程、科技条件和人才队伍建设这三个方向的投入及其投入绩效至关重要，并对其可行性进行论证。　　本文采用规范研究的方法，运用管理学、会计学和财务管理学等学科的相关理论，结合大型科研机构的实际，通过对比、举例、归纳等具体方法，对财务管理的理论、国外同类科研机构财务管理的实践以及大型科研机构财务管理现状进行比较具体的分析，设计大型科研机构财务绩效管理的指标体系，并以北京市科学技术研究院下属单位北京市理化分析测试中心的实际数据论证该指标体系的可行性。　　本文开篇对大型科研机构财务管理在国内外的发展现状进行了分析，提出了本文的研究目的和意义以及研究思路、研究方法和研究的主要内容。接着在论文中，阐明大型地方科研机构财务管理的现状;然后通过比较研究国内外大型科研机构财务管理的实践，指出国内外大型科研机构在事业经费的分配形式、收入结构调控对科研目标实现的作用等方面存在的差距，以有助于设计国内大型科研机构财务管理的指标体系。　　论文接着通过分析科研机构财务管理的重要性，指出科研机构的科技条件投入、科技创新人才的培养、科研成果的技术转移能力是决定科研机构科技创新能力提升的关键要素。然后阐明科研项目实施中财务管理的作用，指出财务管理是服务于科研机构科技创新的手段以及在财务管理过程中应注意的问题。　　论文通过对科研机构财务管理与科技创新能力相关机理的分析，在此基础上提出科研机构科技创新能力的度量指标，进而将科研机构创新能力分解为创新投入能力、创新载体能力、创新产出能力和创新环境能力。根据大型地方科研机构研究的内容和特点，提出大型科研机构科技创新能力评估指标体系包括重点领域与科研方向中的科技创新工程、科技条件能力评估和科技人才创新能力评估三大指标体系，并设计了与之相应的指标。综合上述分析，得出加强财务管理可以促进科研机构科技创新能力的提升这一结论。　　论文最后通过对市科研院财务绩效实例分析，进一步阐明科研机构的收入与发展的关系;财政科学类项目的绩效考评指标;财务管理与创新能力相关度指标体系的实际运用以及对阻碍创新的财务管理问题的对策的探讨。　　本文的创新点在于，在科研机构科技创新能力的度量指标研究中，根据大型地方科研机构的特点，用定量与定性相结合的方式制定了切实可行的考核指标，将科研单位的财务管理目标定位在保证单位价值最大化即科技创新能力的提升上，围绕科研单位的发展方向、科技条件水平和科研人才最大化设计财务管理与创新能力相关度指标体系，使财务管理成为科研机构管理的重要部分。这种指标体系的应用，将有助于提高大型科研机构的管理水平和创新能力，确保大型科研机构的可持续发展，对其他科研机构也具有普遍的借鉴意义。