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目的:利用MLVA基因分型技术,通过对我国不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板进行基因分型工作,探讨不同地区的基因分型情况及亲缘关系,为我国鼠疫耶尔森菌溯源提供更丰富的数据库及资料。方法:本研究选取的样本由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室在2017年提供,来自不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板共180株。其中甘肃省11株;西藏自治区40株;四川省31株;新疆自治区37株;青海25株;内蒙古自治区36株。本实验选用“14+12”分级分型方案,一共26个VNTR位点进行MLVA分型,其中14个位点进行每个地区的菌株分型,针对14位点分型后菌株数量较多MLVA型再利用12位点进一步再分型。经实验分析后得出各位点的重复数,经过软件Bio Numerics聚类分析后得到各位点的分辨指数,本研究以分辨指数相似度大于60%的分为一个基因群组,分辨指数完全相同的分为一个基因型。绘制聚类图及最小生成树。结果:1.菌株DNA基本特征:本研究菌株选自全国的15个生态型及3个生物型,其中新疆菌株生态型最多,有5个生态型;甘肃菌株有4个生态型;青海有3个生态型;西藏、四川和内蒙古菌株分别只有2个生态型。新疆和甘肃分别有古典型和中世纪型菌株,四川和青海则分别来自古典型和田鼠型,内蒙古菌株有田鼠型和中世纪型菌株,而西藏全部菌株只有古典型菌株。2.不同地区14位点MLVA分型结果:新疆地区分为5群,22个MLVA型,A群中MLVA型最多,19株菌占比51.4%;青海地区分为4群,14个基因型;甘肃地区分为3个群,6个MLVA型,B群中菌株数目最多,占比54.5%。3.不同地区“14+12”MLVA分型结果:西藏地区经14位点分为2个群,13个基因型,西藏地区样本菌株在B群中有34株菌占比85.0%,其中B群MLVA 8型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共5个基因型;四川地区经14位点分为2个群,5个基因型,其中A群MLVA 2型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a-e 5个群共9个基因型;内蒙古地区经14位点分为2个群,7个基因型,其中B群MLVA 1型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共15个基因型。4.不同传统型MLVA基因分型结果:本研究选取的14位点将180株菌分为8群、25簇、64个基因型。共有10个生态型完全分布在特定的基因群组中,4个生态型分布在2个不同的群组中,1个生态型较为分散,分布于3个基因群组中;田鼠型和中世纪型分布有单独的群组,不与古典型相交叉;古典型菌株没有单独的群组,分散在不同的基因群中。5.亲缘关系:中世纪型菌株由内蒙古地区中世纪型菌株基因进化而来,田鼠型菌株由青海地区田鼠型菌株基因进化而来;西藏、新疆地区的大部分菌株较为独立,而四川、青海、甘肃、及西藏和新疆的小部分古典型菌株相互之间的基因位点差异较小,可由相同的基因型进化而来。结论:1.只用14位点MLVA分型方法对新疆、甘肃和青海的菌株分型就可以有较高的分辨率;而内蒙古、西藏和四川地区的菌株需结合12位点的再分型才能提高基因分型的分辨率。2.与鼠疫菌传统型结合分析,鼠疫菌在遗传进化上具有一定的稳定性。3.本研究发现,不仅同地区菌株之间有亲缘关系,不同地区间也可以通过基因分型方法发现其存在的基因层面的进化、发展关系。