21世纪,“建设创新型国家”是中国国家战略的核心。目前,我国科技创新水平薄弱且资源稀缺,创新效率问题日益突出,由此测算我国区域创新效率是建设创新型国家一个不可或缺的重要环节。然而,国内外区域创新效率的研究在指标体系和测度方法两个方面存在若干缺陷。本文针对上述问题开展区域创新效率研究,希冀完善区域创新效率评价指标体系,丰富和充实区域创新效率的理论研究。全面掌握我国区域创新效率的基本状况,为决策者制定区域创新政策提供数据支持。在归纳和总结国内外区域创新效率研究成果的基础上,本文在创新投入中第一次引入环境变量,同时突破产出指标局限于科技和经济的范畴,从科技成果、经济效益、社会效益、环境绩效和区域竞争力五个方面体现区域创新产出,设计出一套相对完善的区域创新效率评价指标体系。其次是提出一种基于主成分分析和数据包络分析的组合方法,摆脱传统DEA方法受经验法则的束缚。最后,提出和验证了三条DEA效率区分度的判定标准,并检验了效率测量值。根据上述构建的指标体系和方法模型测算我国30个省市的创新效率,实证结果具有显著的辨别力和强劲的解释力度:全国技术效率逐年提高,东中西部依次递减,但区域间差距逐步缩小并收敛;阻碍技术效率的瓶颈来源纯技术效率,当前应注重培育自主创新产业;多数省市处在区域创新规模扩张阶段,但是不具备持续扩张的潜力;按照目前的产出水平和方向,全国范围内普遍存在投入过剩且结构不合理。