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党的十九大报告中明确提出,创新是促进发展的第一动力,也是构建现代化经济体系的战略支撑,实施创新驱动发展战略是国家"十三五"计划重点部署的首要任务。在我国,由于政府掌握了社会大部分可投资资源,在资源的配置与导向上掌握主动权,因此,政府所做的决策在很大程度上起到引导作用,在区域创新系统的建设中,作为大部分政策和行为的实施者,地方政府财政科技投入对区域创新绩效的影响愈加的显著。将地方政府作为研究对象,主要是由于地方政府在区域创新系统建设中有着非常显著的作用,而另一方面,区域差异这一现实问题在研究我国创新政策时是不可回避的。本文从科技创新政策工具的角度出发,根据不同创新政策工具对创新活动的作用机制的不同将其分为供给面政策工具、环境面政策工具和需求面政策工具,分别对应科技经费投入、税收优惠和政府采购三种地方政府财政科技投入方式,通过对近几年的数据分析发现,我国政府财政科技投入不断扩大,各地区科技投入有所差异,影响地方政府财政科技投入的因素归结为产业发展水平和科技集聚程度,因此可以将全国30个省、自治区划分为产业发展水平高且科技集聚程度高、产业发展水平高但科技集聚程度低、产业发展水平低但科技集聚程度高以及产业发展水平和科技集聚程度都低的四个区域。为进一步分析不同财政科技投入下区域创新绩效的差异,本文选取我国30个省、自治区2009-2015年间的面板数据,运用Stata15软件进行实证分析。通过对数型柯布-道格拉斯生产函数来研究三种投入方式对区域创新绩效的影响作用。研究发现:(1)科技经费投入、政府采购和税收优惠三种科技投入方式对区域知识创新绩效和区域技术创新绩效都有显著的正向影响。(2)产业发展水平和科技集聚程度都高的区域应更加注重科技投入方式的均衡发展,重视需求面政策工具的使用,加大政府采购规模,优化科技税收优惠,拓宽税收优惠覆盖面。(3)在产业发展水平高但科技基础差的区域,政府采购对知识创新绩效和技术创新绩效都有明显的促进作用,政府应规范政府采购流程,扩大创新技术采购在政府采购中的规模。(4)产业发展水平低但科技集聚程度高的区域以及两者都较低的区域在知识创新方面科技经费的投入发挥较大的作用,在技术创新方面,税收优惠工具的正向影响较为明显。根据以上结论,本文提出与之相对应的政策建议,对不同地区政府制定和实施符合区域发展的财政科技投入政策有一定的参考价值。