目前，我国经济发展较快，随之而来的舞弊案件增多，使得相关各方特别关注企业的内部控制制度的完善情况，对于企业内部控制与其审计工作相关的研究国内学者主要局限于规范研究，对其进行实证研究的学者很少。相对于国内学者而言，国外学者对于内部控制与外部审计的研究相对充足，特别是实证研究，这主要是由于国外关于内部控制规范的制定与提出早于我国，相对来说关于内部控制信息披露的规定较之我国相对充实，学者在寻求数据时较容易，便于进行实证研究。我国经过一系列的改革强制要求对内部控制进行披露，所以在交易所或者各大网站可以获得许多数据，使得实证研究变为可能。在对内部控制运行有效性对审计意见影响研究的过程中，不但可以使高管人员更加重视该企业内部控制建设，在对内部控制建设关注的过程中可以发现其存在的问题，从而可以完善内部控制过程并提高企业财务报告的质量;另一方面，研究内部控制有效性的过程当中还能为审计师在审计过程中发表审计意见提供参考，同时提高审计师的审计质量。审计师在接受被审计单位审计时，首先要对该企业的内部控制进行有效性测试，在此过程中如果发现其内部控制存在不足，就会通过一定形式传递给企业管理者，这样可以帮助该企业改进缺陷、消除隐患同时会完善企业管理。　　本研究采用文献研究法对国内外学者的观点进行总结，找到论文的理论支撑点;进而采用定性分析法对内部控制运行有效性进行界定，分析内部控制运行有效性现状，阐述内部控制运行有效性影响五要素及其对审计意见类型的影响，五要素主要包括内部控制环境与风险评估、内部控制活动与监督、信息与沟通，最后对内部控制运行有效性评判标准进行分析在这一部分也是根据五要素判定;在文章的最后利用Logistic模型建立内部控制运行有效性对审计意见影响的实证分析，根据两者之间的影响建立数据模型，实证分析前者对后者是否影响。研究假设主要选择如下:第一则是内部控制信息披露与非标准审计意见呈现负相关关系;第二，内部控制缺陷与非标准审计意见成正相关关系;第三，非标准审计意见与披露内部控制自我评价鉴证报告负相关;第四则是非标准审计意见与监管部门处罚呈正相关;第五，非标准审计意见与内部审计呈负相关。研究结论表明:上市公司内部控制运行有效性对审计意见类型有着重要的影响。企业内部控制是否存在缺陷以及根据缺陷的严重程度可以表明其内部控制运行有效性程度的高低;其内部控制信息披露越详细表明内部控制运行有效性高;注册会计师对其内部控制运行有效性发表审计意见，内部控制运行是有效性程度的高低可以影响其获得审计意见的类型。