农业科研院所是由国家财政资金支撑的公益型事业单位,也是农业科研水平的重要代表。在全国农业科技得到了较快发展、农业科研院所广泛开展科技体制改革的背景下,各省虽然建立起了门类齐全的农业科研体系,但农业科研院所结构固化、学科设置陈旧、信息共享不畅、人员激励不足等新旧组织结构问题依然存在,依然束缚着农业科研的科研效率。如何通过优化农业科研院所的组织结构修正弊病,解开旧型结构对科研机构效率的桎梏,成为一项迫切的理论研究任务。本文在这一思路下,以江苏省农业科学院为研究对象,通过分析其组织结构弊端,提出该地区农业科研院所组织结构优化调整的可能路径,以期全面提高农业科研院所的管理水平。基于专著、学位论文、院所年鉴等文献材料,按照组织结构要素、组织结构模式、组织结构运行机制的逻辑分析了农科院的组织结构现状。根据农科院人员结构、激励制度方面的消极现象分析了组织结构要素构成和运行方面的瓶颈所在。指出农业科研院所在机构设置、岗位管理、学科结构等方面存在没有活力、缺乏创新的机制性障碍。组织环境如科研体制、资金投入、信息沟通、法律法规支撑等方面要素也制约着组织结构更好地发挥作用。由此得出农科院现行的组织结构激发科研潜力的功能已经发挥殆尽,周边要素也发挥着限制科研事业进步的负面效应的结论。结合组织理论的最新成果和对农科院的实证分析,农科院组织结构的优化调整可以从岗位管理、管理模式、学科设置方面的开展,还可以通过构建虚拟研发中心来整合科研优势资源,提升科研体制、财政投入、信息机制、法律法规等组织环境的质量,发挥组织结构和环境的合力提高科研效率的作用。新的农业科技革命把古老的传统农业带入了一个崭新的天地,促使农业科研院所在实现新的功能、支撑经济社会发展上发挥更大的作用。因此,农科院应把握时代责任,深化院所体制改革,以优化组织结构为起点,健全科研效率的激发机制。